C****o
发帖数: 1549 | 1 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
2017-06-21 环球科学大观 基因谷
近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
知识，颠覆了整个科学界！
传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
其中最为特征的现象是位于前导链与滞后链上的DNA聚合酶在某种程度上彼此协调，以
避免在解旋时引发突变。
团队的科研人员从大肠杆菌中提取出单个DNA分子并施加着色剂，令科学家震惊的是，
实时镜头显示出真实的DNA在复制过程中，连接酶并不相互协调，而是每条单链高度独
立复制，充满随机性，最后却能够完美与母链相匹配！
在镜头中，时而滞后链停止运行，但前导链继续增长，时而其中一条链突然以10倍正常
速度开始复制，毫无规律可寻！此外，由于缺乏协调性，DNA甚至可以一脚踢开解旋酶
来暂停复制，以使DNA聚合酶赶上进度。
这一事实足以引发科学界对生物遗传稳定性的重新思考！如果这两条链独立运作，那么
解旋的DNA如何知道做到确保复制过程有条不紊的进行？又如何在特定的时间点控制复
制速度来避免遗传突变？生命真的太过玄妙，或许人类离真相还有很长一段路要走。
文献原文 http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(17)30634-7 |
W*****B
发帖数: 4796 | 2 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生
物知识，颠覆了整个科学界！
：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则
、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
：作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
：
：其中最为特征的现象是位于前导链与滞后链上的DNA聚合酶在某种程度上彼此协调，以
：避免在解旋时引发突变。
：..........
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
:
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E*********9
发帖数: 244 | 3 No significant change to current model according to author's conclusion.
"We conclude that the stochastic behavior of replisome components ensures
complete DNA duplication without requiring coordination of leading- and
lagging-strand synthesis."
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
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s*****r
发帖数: 11545 | 4 都差不多，只不过这个更直观解释生物分子进程，这个意义更大一点，不过都是母鸡如
何下鸡蛋的问题，吃鸡蛋的人无须过多关心。
: 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
: ：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: ：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: ：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发
表成果称
: ：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实
证明人类
: ：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所
学的生
: 物知识，颠覆了整个科学界！
: ：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配
对原则
: 、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等
物质分别
: ：作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
【在 W*****B 的大作中提到】
: 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
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: ：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: ：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: ：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: ：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生
: 物知识，颠覆了整个科学界！
: ：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则
: 、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
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x********e
发帖数: 35261 | 5 小编文科生？
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
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l*****t
发帖数: 1080 | 6 这实验完全没难度，只要仪器够精密，谁都能做出来。这结果应该归功于制造业的进步。 |
l*******1
发帖数: 16217 | |
q***3
发帖数: 5088 | |
b***y
发帖数: 14281 | 9 Molecular process is always a stochastic process. The "rules" are only meant
to be in the statistical sense. The news media is stupid and the PR
department of some research group is very 3brother.
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
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d*c
发帖数: 1226 | 10 尼玛，还近距离高清无码，小鞭看岛国动作片时写的? |
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s*****r
发帖数: 11545 | 11 具体到这个问题人家也没说错啥，就是协调精细到哪个层次的问题。这个仅仅是大肠杆
菌的复制过程，高等点的可能协调得更精细。
: Molecular process is always a stochastic process. The "rules" are only
meant
: to be in the statistical sense. The news media is stupid and the PR
: department of some research group is very 3brother.
【在 b***y 的大作中提到】
: Molecular process is always a stochastic process. The "rules" are only meant
: to be in the statistical sense. The news media is stupid and the PR
: department of some research group is very 3brother.
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a******g
发帖数: 13519 | 12 难道人类真的都生活在矩阵中?我们的一生都是被编译好了的？ |
b***y
发帖数: 14281 | 13 就是什么颠覆人类的理论之类的吹得太恶心。
only
【在 s*****r 的大作中提到】
: 具体到这个问题人家也没说错啥，就是协调精细到哪个层次的问题。这个仅仅是大肠杆
: 菌的复制过程，高等点的可能协调得更精细。
:
:
: Molecular process is always a stochastic process. The "rules" are only
: meant
:
: to be in the statistical sense. The news media is stupid and the PR
:
: department of some research group is very 3brother.
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g***j
发帖数: 40861 | |
s******r
发帖数: 5309 | 15 老鼠的食物全靠这标题了。
【在 g***j 的大作中提到】
: 标题党 啊
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w*p
发帖数: 16484 | 16 你这个评论很准确，内行人啊
meant
【在 b***y 的大作中提到】
: Molecular process is always a stochastic process. The "rules" are only meant
: to be in the statistical sense. The news media is stupid and the PR
: department of some research group is very 3brother.
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s********i
发帖数: 17328 | 17 我觉得挺有意义啊。这意思是说，俩人搭积木，本来认为是你搭一块，我搭一块，才能
保证搭的好。现在发现，你搭你的，我搭我的，最后一凑，咦，也是好的。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 16 |
s*****r
发帖数: 11545 | 18 不会吧？ 估计他并不是说完全独自成单链后才组成双链吧？这差别确实非常大啊。
: 我觉得挺有意义啊。这意思是说，俩人搭积木，本来认为是你搭一块，我搭一块
，才能
: 保证搭的好。现在发现，你搭你的，我搭我的，最后一凑，咦，也是好的。
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 16
【在 s********i 的大作中提到】
: 我觉得挺有意义啊。这意思是说，俩人搭积木，本来认为是你搭一块，我搭一块，才能
: 保证搭的好。现在发现，你搭你的，我搭我的，最后一凑，咦，也是好的。
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 16
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x********e
发帖数: 35261 | 19 当然不是。这篇文是在讲leading/lagging strand复制不同步
【在 s*****r 的大作中提到】
: 不会吧？ 估计他并不是说完全独自成单链后才组成双链吧？这差别确实非常大啊。
:
:
: 我觉得挺有意义啊。这意思是说，俩人搭积木，本来认为是你搭一块，我搭一块
: ，才能
:
: 保证搭的好。现在发现，你搭你的，我搭我的，最后一凑，咦，也是好的。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 16
:
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d******r
发帖数: 16947 | 20 按照上帝的图纸做，谁先谁后确实没区别 lol
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
:
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E*********9
发帖数: 244 | 21 Your understanding was incorrect.
【在 s********i 的大作中提到】
: 我觉得挺有意义啊。这意思是说，俩人搭积木，本来认为是你搭一块，我搭一块，才能
: 保证搭的好。现在发现，你搭你的，我搭我的，最后一凑，咦，也是好的。
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 16
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s********i
发帖数: 17328 | 22 我只是举个例子。为什么以前的理论认为两个strand需要同步？
【在 E*********9 的大作中提到】
: Your understanding was incorrect.
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s*****r
发帖数: 11545 | 23 俺的理解是：在某些节点是你一个碱基俺一个碱基地配对，在另一些区域是你合成一串
俺合成一串然后配对，而有时两串合成速度差别非常大，然后引领串会被限速，跟随串
会时快时慢赶上。
不过这里面有个问题，跟随串是如何知道碱基序列的呢？难道两串同时以rna作为模板？
:
当然不是。这篇文是在讲leading/lagging strand复制不同步
【在 x********e 的大作中提到】
: 当然不是。这篇文是在讲leading/lagging strand复制不同步
|
E*********9
发帖数: 244 | 24 Nobody saw that in person, so it made sense that replication of leading and
lagging strand are in sync. Most of the theories at molecular level are
circumstantial.
【在 s********i 的大作中提到】
: 我只是举个例子。为什么以前的理论认为两个strand需要同步？
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s*****r
发帖数: 11545 | 25 因为这样碱基配对错误最少，最符合直觉。
: 我只是举个例子。为什么以前的理论认为两个strand需要同步？
【在 s********i 的大作中提到】
: 我只是举个例子。为什么以前的理论认为两个strand需要同步？
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x********e
发帖数: 35261 | 26 门外汉还是得先了解高中生物…
板？
【在 s*****r 的大作中提到】
: 俺的理解是：在某些节点是你一个碱基俺一个碱基地配对，在另一些区域是你合成一串
: 俺合成一串然后配对，而有时两串合成速度差别非常大，然后引领串会被限速，跟随串
: 会时快时慢赶上。
: 不过这里面有个问题，跟随串是如何知道碱基序列的呢？难道两串同时以rna作为模板？
:
:
:
: 当然不是。这篇文是在讲leading/lagging strand复制不同步
:
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x********e
发帖数: 35261 | 27 门外汉就别乱猜了
【在 s*****r 的大作中提到】
: 因为这样碱基配对错误最少，最符合直觉。
:
:
: 我只是举个例子。为什么以前的理论认为两个strand需要同步？
:
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s*****r
发帖数: 11545 | 28 俺好歹也是生物千老，你你你。。。
: 门外汉就别乱猜了
【在 x********e 的大作中提到】
: 门外汉就别乱猜了
|
x********e
发帖数: 35261 | 29 dna复制哪来的rna模板？碱基互补和error rate靠的是DNA pol。youtube上那么多
replisome和dna replication的动画，去补
补吧
【在 s*****r 的大作中提到】
: 俺好歹也是生物千老，你你你。。。
:
:
: 门外汉就别乱猜了
:
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g***j
发帖数: 40861 | 30 丢人丢大发了
【在 s*****r 的大作中提到】
: 俺好歹也是生物千老，你你你。。。
:
:
: 门外汉就别乱猜了
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s********i
发帖数: 17328 | 31 这不是科学的态度啊，除非有理由认为需要同步，否则这种假设不make sense。
and
【在 E*********9 的大作中提到】
: Nobody saw that in person, so it made sense that replication of leading and
: lagging strand are in sync. Most of the theories at molecular level are
: circumstantial.
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s*****r
发帖数: 11545 | 32 呵呵，隔行如隔山嘛，没啥丢人的。
: 丢人丢大发了
【在 g***j 的大作中提到】
: 丢人丢大发了
|
g***j
发帖数: 40861 | 33 冒充生物千老
【在 s*****r 的大作中提到】
: 呵呵，隔行如隔山嘛，没啥丢人的。
:
:
: 丢人丢大发了
:
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E*********9
发帖数: 244 | 34 When you don't have evidence whether it's in-sync or not, probably picking
in-sync made it easier to establish your theory.
【在 s********i 的大作中提到】
: 这不是科学的态度啊，除非有理由认为需要同步，否则这种假设不make sense。
:
: and
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s*****r
发帖数: 11545 | 35 呵呵，原来俺想象的复制过程真的是错误百出的。俺也曾经问过自己一个问题，新细胞
里面是不是有一股完全来自老细胞，原来是真的呀。原来是掰开两股53合成。那滞后股
不同步就不足为奇鸟,相反简直顺理成章。为啥滞后股不能35合成啊？用那么多rna
primers,最后还得敲掉以填补碱基，多费劲啊。
还有，俺想象的复制过程是不是病毒复制？ |
s******y
发帖数: 28562 | 36 小编完全胡说八道。
另外，先导链滞后链这些概念是在大学生化才教的，而且是有关于DNA复制的具体动态
机制的细节，有错并不让人意外。中学根本不教这些东西。
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
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s********i
发帖数: 17328 | 37 这个我不同意。任何理论都有假设，所谓的hypothesis，如果没有这个hypothesis就无
法进一步讨论。如果，in-sync or not不影响进一步讨论，那么就不应该是hypothesis
的一部分。
话又说回来了，如果in-sync or not没有关系，那么这篇文章也就没有什么意义了，只
不过发现个事实而已。
【在 E*********9 的大作中提到】
: When you don't have evidence whether it's in-sync or not, probably picking
: in-sync made it easier to establish your theory.
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s******y
发帖数: 28562 | 38 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以凭空变
出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么回事！
这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要一个螺
旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(polymerase
)来复制新的单链。
但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后链）。
那么在复制的时候如何协调这个问题？先导链上的复制会不会等滞后链上复制？这个就
是这个文章提出的数据所针对的问题。
以前的课本上，大家根据想像，以为那一群酶肯定有啥方法可以互相沟通，让先导链和
滞后链的复制基本上同时间完成。但是这个文章的数据表明，这两条单链上的复制基本
上是各做各的，彼此貌似是独立的，并不进行什么特别明显的沟通。
但是，再澄清一次： 各条单链上的复制仍然是需要复制酶以及母本（template)的，这
个文章唯一提出和经典理论不同的就是两条单链的复制是否互相独立。这个虽然
是一个很有意思的成果，但是根本没有打破什么经典理论。
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
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s*****r
发帖数: 11545 | 39 牛人给俺解惑一下吧。。。
复制酶是有方向性的这个俺可以理解，可是为啥细胞没有发展出一种35方向的酶？滞后
链那么多primers和片段，看着都蛋疼。
还有那个ozakari什么的是不是尼日利亚的科学家啊？这名字黑人味挺重的。
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以
凭空变
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么
回事！
: 这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
: 为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要
一个螺
: 旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(
polymerase
: )来复制新的单链。
: 但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
: 是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
: 的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后
链）。
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以凭空变
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么回事！
: 这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
: 为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要一个螺
: 旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(polymerase
: )来复制新的单链。
: 但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
: 是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
: 的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后链）。
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E*********9
发帖数: 244 | 40 It's Okazaki.
https://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments
【在 s*****r 的大作中提到】
: 牛人给俺解惑一下吧。。。
: 复制酶是有方向性的这个俺可以理解，可是为啥细胞没有发展出一种35方向的酶？滞后
: 链那么多primers和片段，看着都蛋疼。
: 还有那个ozakari什么的是不是尼日利亚的科学家啊？这名字黑人味挺重的。
:
:
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
:
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以
: 凭空变
:
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么
: 回事！
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z***t
发帖数: 10817 | 41 明明是个日本名字
你丫圡死了
【在 s*****r 的大作中提到】
: 牛人给俺解惑一下吧。。。
: 复制酶是有方向性的这个俺可以理解，可是为啥细胞没有发展出一种35方向的酶？滞后
: 链那么多primers和片段，看着都蛋疼。
: 还有那个ozakari什么的是不是尼日利亚的科学家啊？这名字黑人味挺重的。
:
:
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
:
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以
: 凭空变
:
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么
: 回事！
|
t******l
发帖数: 10908 | 42 你说的这个不要外加不必要的假设，或者说假设需要明示，我觉得对物理和计算科学这
两门 mathematical science 才比较严格要求。。。高中生物不是 mathematical
science，很多在当前科技水平下无法证实或证伪的直觉型预设，可以是认为让从业者
容易理解的 ppt 型假设。。。或者计算科学的说法，就是黑匣模型，该模型只要外特
征一致就可以了。。。否则的话，刷试管也要有张老的数学水准，那也找不到刷试管工
的。
或者简单的说，你不能要求每个焊水管的水管工，都理解达西定理的本质。
: 这个我不同意。任何理论都有假设，所谓的hypothesis，如果没有这个
hypothesis就无
: 法进一步讨论。如果，in-sync or not不影响进一步讨论，那么就不应该是
hypothesis
: 的一部分。
: 话又说回来了，如果in-sync or not没有关系，那么这篇文章也就没有什么意义
了，只
: 不过发现个事实而已。
【在 s********i 的大作中提到】
: 这个我不同意。任何理论都有假设，所谓的hypothesis，如果没有这个hypothesis就无
: 法进一步讨论。如果，in-sync or not不影响进一步讨论，那么就不应该是hypothesis
: 的一部分。
: 话又说回来了，如果in-sync or not没有关系，那么这篇文章也就没有什么意义了，只
: 不过发现个事实而已。
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s*****r
发帖数: 11545 | 43 谢谢，能不能解释一下酶的方向性这个问题？是35方向的酶因为核糖和氨基酸手性根本
就不可能存在，或者是效率不比分段合成高？
: It's Okazaki.
: https://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments
【在 E*********9 的大作中提到】
: It's Okazaki.
: https://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments
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s*****r
发帖数: 11545 | 44 俺不少尼日利亚客户名字就是那样的，难道尼日利亚是日本人殖民地？
: 明明是个日本名字
: 你丫圡死了
【在 z***t 的大作中提到】
: 明明是个日本名字
: 你丫圡死了
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x********e
发帖数: 35261 | 45 我靠你千万别说你是生物千老，太黑了…
【在 s*****r 的大作中提到】
: 牛人给俺解惑一下吧。。。
: 复制酶是有方向性的这个俺可以理解，可是为啥细胞没有发展出一种35方向的酶？滞后
: 链那么多primers和片段，看着都蛋疼。
: 还有那个ozakari什么的是不是尼日利亚的科学家啊？这名字黑人味挺重的。
:
:
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
:
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以
: 凭空变
:
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么
: 回事！
|
x********e
发帖数: 35261 | 46 你这张图放上来门外汉肯定会误解。其实replisome就是一个大复合体，同时复制两条
链。只是lagging strand的速度可以单独控制而已。
polymerase
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以凭空变
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么回事！
: 这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
: 为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要一个螺
: 旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(polymerase
: )来复制新的单链。
: 但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
: 是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
: 的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后链）。
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x********e
发帖数: 35261 | 47 你这张图放上来门外汉肯定会误解。其实replisome就是一个大复合体，同时复制两条
链。只是lagging strand的速度可以单独控制而已。
polymerase
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个小编完全瞎编，整个新闻错误百出！
: 尤其是胡扯什么四类不同碱基，让人误以为DNA 复制不需要template直接就可以凭空变
: 出来一个新的链然后奇迹的和原来的template 完全互补。其实根本就不是这么回事！
: 这篇文章是关于先导链(leading strand)和滞后链(lagging strand)的
: 为什么会出现这两个概念的差别？因为DNA是一个螺旋双链，在复制的时候需要一个螺
: 旋酶/解螺旋酶(helicase)来把双链打开。然后两条单链上各有一个复制酶(polymerase
: )来复制新的单链。
: 但是这样就会出现一个问题：因为复制酶是有方向性的，但是两条单链的方向正好
: 是相反的，这样，就会有一个复制酶的前进方向和螺旋酶/解螺旋酶的方向是相同
: 的（这个就是所谓的先导链，而另外一个复制酶的方向就是相反的（所谓的滞后链）。
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s******y
发帖数: 28562 | 48 总比他们误会成DNA 复制的时候不需要模板好啊！
那两条链原则上是由两个不同的复制酶来进行的，所以画成那样也不算错，虽然在实际
上这两个酶的空间分布基本上是挨在一起的。
条
【在 x********e 的大作中提到】
: 你这张图放上来门外汉肯定会误解。其实replisome就是一个大复合体，同时复制两条
: 链。只是lagging strand的速度可以单独控制而已。
:
: polymerase
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S*******s
发帖数: 13043 | 49 “高清无码影像”，这是说顺嘴了，高清必须搭配无码 |
x********e
发帖数: 35261 | 50 我记得学界从来就没有说过leading lagging strand同步复制。只是因为解旋酶同时解
开双链，所以整体速度是一致的。从突破性上看，完全没有小编吹的那么夸张。
【在 s******y 的大作中提到】
: 总比他们误会成DNA 复制的时候不需要模板好啊！
: 那两条链原则上是由两个不同的复制酶来进行的，所以画成那样也不算错，虽然在实际
: 上这两个酶的空间分布基本上是挨在一起的。
:
: 条
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s******y
发帖数: 28562 | 51
方向性是因为DNA 聚合的时候需要用到核苷酸单体dNTP的那三磷酸高能基团来提供能量
。但是那个那三磷酸键是在5'-位置，而3'的是一个羟基。对于酶动力而言，是从5'段
开始的话可以由三磷酸的水解来进行一个滑动的动作。但是倒过来的话，要实行这个动
作不是很容易。
【在 s*****r 的大作中提到】
: 谢谢，能不能解释一下酶的方向性这个问题？是35方向的酶因为核糖和氨基酸手性根本
: 就不可能存在，或者是效率不比分段合成高？
:
:
: It's Okazaki.
:
: https://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragments
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s******y
发帖数: 28562 | 52 对，其实就是阐释了一个以前大家没有注意到或者忽略了的细节而已。根本说不上什么
特别大的突破。当然，发Cell 是应该的，因为大部分CNS文章也就这个水平而已。
【在 x********e 的大作中提到】
: 我记得学界从来就没有说过leading lagging strand同步复制。只是因为解旋酶同时解
: 开双链，所以整体速度是一致的。从突破性上看，完全没有小编吹的那么夸张。
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x********e
发帖数: 35261 | 53 相比之下拍摄RNA Pol in vivo转录才是CNS级的大突破。Cell现在对文章的
significance都降低要求了。
【在 s******y 的大作中提到】
: 对，其实就是阐释了一个以前大家没有注意到或者忽略了的细节而已。根本说不上什么
: 特别大的突破。当然，发Cell 是应该的，因为大部分CNS文章也就这个水平而已。
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s******y
发帖数: 28562 | 54 我觉得这样反而好。要求太高的话容易让某些人铤而走险去编故事。
十年前的Cell 上很多文章的结论都不可信。最近倒是可信度高了不少。
【在 x********e 的大作中提到】
: 相比之下拍摄RNA Pol in vivo转录才是CNS级的大突破。Cell现在对文章的
: significance都降低要求了。
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x********e
发帖数: 35261 | 55 十年前不要求那么多supplemental data。现在要编那么多假数据也不容易，最多编一
两个图
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得这样反而好。要求太高的话容易让某些人铤而走险去编故事。
: 十年前的Cell 上很多文章的结论都不可信。最近倒是可信度高了不少。
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t******l
发帖数: 10908 | 56 反转录病毒很恶心。。。不知道这么天顶星的技术病毒是怎么获得的，我觉得可能还是
DNA 复制机制本身有 bug，没经过素数加密理论证明。。。否则反转录病毒这算法，
按时空复杂度也装不进病毒那么小的 USB flash drive 里。。。
: 相比之下拍摄RNA Pol in vivo转录才是CNS级的大突破。Cell现在对文章的
: significance都降低要求了。
【在 x********e 的大作中提到】
: 十年前不要求那么多supplemental data。现在要编那么多假数据也不容易，最多编一
: 两个图
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s*******n
发帖数: 40 | |
x********e
发帖数: 35261 | 58 retro不要求复制的精确性，没什么天顶星可言，生命本来就源自RNA
【在 t******l 的大作中提到】
: 反转录病毒很恶心。。。不知道这么天顶星的技术病毒是怎么获得的，我觉得可能还是
: DNA 复制机制本身有 bug，没经过素数加密理论证明。。。否则反转录病毒这算法，
: 按时空复杂度也装不进病毒那么小的 USB flash drive 里。。。
:
:
: 相比之下拍摄RNA Pol in vivo转录才是CNS级的大突破。Cell现在对文章的
:
: significance都降低要求了。
:
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s*****r
发帖数: 11545 | 59 你这个解释不能令俺信服，因为甲分子5位三磷酸基与乙分子3位羟基反应化学能等同于
乙分子5位三磷酸基与甲分子3位羟基反应化学能。
俺仔细想了想，觉得这是由于三磷酸化的要求造成的。如果是35顺序，要么链上最近装
上的那个核苷5位三磷酸化，要么即将装上的那个核苷3位三磷酸化，这两种三磷酸化都
不容易，而且需要特定的酶。而采用53顺序则可以直接利用立等可取的dntp, 虽然要使
用很多primers并且分段合成后剔除primers外加补充primers那些缺口的核苷，他奶奶
的这也很费劲呀。估计还是35顺序所要求的底物三磷酸化的问题。
: 方向性是因为DNA 聚合的时候需要用到核苷酸单体dNTP的那三磷酸高能基团来提
供能量
: 。但是那个那三磷酸键是在5'-位置，而3'的是一个羟基。对于酶动力而言，是
从5'段
: 开始的话可以由三磷酸的水解来进行一个滑动的动作。但是倒过来的话，要实行
这个动
: 作不是很容易。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得这样反而好。要求太高的话容易让某些人铤而走险去编故事。
: 十年前的Cell 上很多文章的结论都不可信。最近倒是可信度高了不少。
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t******l
发帖数: 10908 | 60 反转录 retro 至少要精确到能复制反转录病毒自身吧？
那退一步说，这 DNA 复制算法还是没经过张老 coding review，否则至少也得搞个
CRC 循环校验码之类的容错机制。
: retro不要求复制的精确性，没什么天顶星可言，生命本来就源自RNA
【在 x********e 的大作中提到】
: retro不要求复制的精确性，没什么天顶星可言，生命本来就源自RNA
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s*****r
发帖数: 11545 | 61 提么法拉利你怎么什么都懂？
: 反转录病毒很恶心。。。不知道这么天顶星的技术病毒是怎么获得的，我觉得可
能还是
: DNA 复制机制本身有 bug，没经过素数加密理论证明。。。否则反转录病毒这
算法，
: 按时空复杂度也装不进病毒那么小的 USB flash drive 里。。。
【在 t******l 的大作中提到】
: 反转录 retro 至少要精确到能复制反转录病毒自身吧？
: 那退一步说，这 DNA 复制算法还是没经过张老 coding review，否则至少也得搞个
: CRC 循环校验码之类的容错机制。
:
:
: retro不要求复制的精确性，没什么天顶星可言，生命本来就源自RNA
:
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x****6
发帖数: 4339 | 62 讨论生物问题怎么能少了千少我。你看看反转录酶和DNA聚合酶的分子大小和复杂性就
能知道，前者在后者面前就是个小不点，简单的很。并且缺少一个校对的domain。后者
保真性是前者的3到4个数量级。而这个保真性是除了有校对结构，还通过一种叫做
kinetic proofreading的分子机制实现的。这些复杂的机制需要更大/复杂的分子来完
成。
: 反转录 retro 至少要精确到能复制反转录病毒自身吧？
: 那退一步说，这 DNA 复制算法还是没经过张老 coding review，否则至少也得
搞个
: CRC 循环校验码之类的容错机制。
【在 t******l 的大作中提到】
: 反转录 retro 至少要精确到能复制反转录病毒自身吧？
: 那退一步说，这 DNA 复制算法还是没经过张老 coding review，否则至少也得搞个
: CRC 循环校验码之类的容错机制。
:
:
: retro不要求复制的精确性，没什么天顶星可言，生命本来就源自RNA
:
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s******y
发帖数: 28562 | 63 我觉得你这个理解倒过来了，5' 和3' 的原始定义就是从谁带三磷酸来定义过来的。至
于对于酶动力学，你可以大致这么理解： 现在的情况是，每次核酸链延长一下，出现
的产品就是一个带着暴露羟基的核酸链在那里等着带有高能键的dNTP过来。因为羟基是
比较稳定的，暴露就暴露吧，多等一会也没关系。
如果是倒过来做的话，就会出现一个暴露着高能三磷酸的核酸链卡在酶里面等下一个
dNTP来贡献羟基的情况。但是高能三磷酸键卡在蛋白里面是不稳定的，因为会被很多氨
基酸侧链攻击，所以很容易就出出现随机丢失这个三磷酸的现象，这样就会出现一个没
有三磷酸的无效产物卡在酶里面不能被继续连接的情况，就必须把那个产物放弃从头再
来。这样会导致复制效率非常的低。
【在 s*****r 的大作中提到】
: 你这个解释不能令俺信服，因为甲分子5位三磷酸基与乙分子3位羟基反应化学能等同于
: 乙分子5位三磷酸基与甲分子3位羟基反应化学能。
: 俺仔细想了想，觉得这是由于三磷酸化的要求造成的。如果是35顺序，要么链上最近装
: 上的那个核苷5位三磷酸化，要么即将装上的那个核苷3位三磷酸化，这两种三磷酸化都
: 不容易，而且需要特定的酶。而采用53顺序则可以直接利用立等可取的dntp, 虽然要使
: 用很多primers并且分段合成后剔除primers外加补充primers那些缺口的核苷，他奶奶
: 的这也很费劲呀。估计还是35顺序所要求的底物三磷酸化的问题。
:
:
: 方向性是因为DNA 聚合的时候需要用到核苷酸单体dNTP的那三磷酸高能基团来提
: 供能量
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t******l
发帖数: 10908 | 64 我一小马工不懂生物，但生物 wiki 上说这个 reverse transcript is extremely
error prone，但还是能八九不离十得复制出 retro viro 本身。。。尼玛生物用词确
实不能从数学的角度读，这么说我也可以说二战美帝破译山本五十六的密码也是
extremely error prone，但还是能在中途鸟对山本五十六的行踪了如指掌。
或者说，这个 extremely 就是半个虚词。。。换成马工至少要给个多项式级的出错率
，还是指数级的出错率。。。否则的话直接 NP = P 不就完事了，这么简单的证明。。。
: 提么法拉利你怎么什么都懂？
: 能还是
: 算法，
【在 s*****r 的大作中提到】
: 提么法拉利你怎么什么都懂？
:
:
: 反转录病毒很恶心。。。不知道这么天顶星的技术病毒是怎么获得的，我觉得可
: 能还是
:
: DNA 复制机制本身有 bug，没经过素数加密理论证明。。。否则反转录病毒这
: 算法，
:
: 按时空复杂度也装不进病毒那么小的 USB flash drive 里。。。
:
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t******l
发帖数: 10908 | 65 所以你的意思是 DNA 高级货关键是校验算法强大。。。这点我同意。。。所以从这个
角度看，100% 的 deterministic 机制，基本是古生物学家的想象。
不过其实 RNA 反转录的保真度也不算太差了。。。这个简单的玩意儿到底搞清楚没有？
: 讨论生物问题怎么能少了千少我。你看看反转录酶和DNA聚合酶的分子大小和复
杂性就
: 能知道，前者在后者面前就是个小不点，简单的很。并且缺少一个校对的domain
。后者
: 保真性是前者的3到4个数量级。而这个保真性是除了有校对结构，还通过一种叫做
: kinetic proofreading的分子机制实现的。这些复杂的机制需要更大/复杂的分
子来完
: 成。
: 搞个
【在 x****6 的大作中提到】
: 讨论生物问题怎么能少了千少我。你看看反转录酶和DNA聚合酶的分子大小和复杂性就
: 能知道，前者在后者面前就是个小不点，简单的很。并且缺少一个校对的domain。后者
: 保真性是前者的3到4个数量级。而这个保真性是除了有校对结构，还通过一种叫做
: kinetic proofreading的分子机制实现的。这些复杂的机制需要更大/复杂的分子来完
: 成。
:
:
: 反转录 retro 至少要精确到能复制反转录病毒自身吧？
:
: 那退一步说，这 DNA 复制算法还是没经过张老 coding review，否则至少也得
: 搞个
:
: CRC 循环校验码之类的容错机制。
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x********e
发帖数: 35261 | 66 你要这么理解。病毒复制的copy数量级乘以反转录酶的error rate再乘以反转录病毒的
small genome size，结果就是一个并不大错误概率，能保证整个病毒population里既
有毫无错误地复制，也有一些适合进化的突变。而高等动物DNA一代只复制一次，而且
基因组巨大，所以DNA Pol必须高精度。
。。
【在 t******l 的大作中提到】
: 我一小马工不懂生物，但生物 wiki 上说这个 reverse transcript is extremely
: error prone，但还是能八九不离十得复制出 retro viro 本身。。。尼玛生物用词确
: 实不能从数学的角度读，这么说我也可以说二战美帝破译山本五十六的密码也是
: extremely error prone，但还是能在中途鸟对山本五十六的行踪了如指掌。
: 或者说，这个 extremely 就是半个虚词。。。换成马工至少要给个多项式级的出错率
: ，还是指数级的出错率。。。否则的话直接 NP = P 不就完事了，这么简单的证明。。。
:
:
: 提么法拉利你怎么什么都懂？
:
: 能还是
:
: 算法，
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x****6
发帖数: 4339 | 67 反转录酶的结构是解出来了，出错率也测出来了，每次复制每个碱基对有10^-5到10^-4
的出错率。
但是要从氨基酸一级序列解释3D结构以及从量子力学角度解释出错率这个层次的理解还
没有达到
有？
domain
叫做
【在 t******l 的大作中提到】
: 所以你的意思是 DNA 高级货关键是校验算法强大。。。这点我同意。。。所以从这个
: 角度看，100% 的 deterministic 机制，基本是古生物学家的想象。
: 不过其实 RNA 反转录的保真度也不算太差了。。。这个简单的玩意儿到底搞清楚没有？
:
:
: 讨论生物问题怎么能少了千少我。你看看反转录酶和DNA聚合酶的分子大小和复
: 杂性就
:
: 能知道，前者在后者面前就是个小不点，简单的很。并且缺少一个校对的domain
: 。后者
:
: 保真性是前者的3到4个数量级。而这个保真性是除了有校对结构，还通过一种叫做
:
: kinetic proofreading的分子机制实现的。这些复杂的机制需要更大/复杂的分
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t******l
发帖数: 10908 | 68 楼上说了定量的测量，是每个碱基万分之一到十万分之一的出错率。
我作为马工不懂生物，但是从台湾炸鸡店 TSMC 的角度看，在非可控的花花草草环境下
，能达到这个低错误率，可能已经有进化选择了。。。要知道台湾炸鸡店为了保证成品
率，其超级牛鼻无尘车间可是很贵很贵的。
: 你要这么理解。病毒复制的copy数量级乘以反转录酶的error rate再乘以反转录
病毒的
: small genome size，结果就是一个并不大错误概率，能保证整个病毒
population里既
: 有毫无错误地复制，也有一些适合进化的突变。而高等动物DNA一代只复制一次
，而且
: 基因组巨大，所以DNA Pol必须高精度。
: 。。
【在 x********e 的大作中提到】
: 你要这么理解。病毒复制的copy数量级乘以反转录酶的error rate再乘以反转录病毒的
: small genome size，结果就是一个并不大错误概率，能保证整个病毒population里既
: 有毫无错误地复制，也有一些适合进化的突变。而高等动物DNA一代只复制一次，而且
: 基因组巨大，所以DNA Pol必须高精度。
:
: 。。
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x****6
发帖数: 4339 | 69 这肯定是进化出来的结构，出错率再高就会出现mutational meltdown, 等于病毒自杀
，因为每次复制积累的有害突变太多了。
【在 t******l 的大作中提到】
: 楼上说了定量的测量，是每个碱基万分之一到十万分之一的出错率。
: 我作为马工不懂生物，但是从台湾炸鸡店 TSMC 的角度看，在非可控的花花草草环境下
: ，能达到这个低错误率，可能已经有进化选择了。。。要知道台湾炸鸡店为了保证成品
: 率，其超级牛鼻无尘车间可是很贵很贵的。
:
:
: 你要这么理解。病毒复制的copy数量级乘以反转录酶的error rate再乘以反转录
: 病毒的
:
: small genome size，结果就是一个并不大错误概率，能保证整个病毒
: population里既
:
: 有毫无错误地复制，也有一些适合进化的突变。而高等动物DNA一代只复制一次
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t******l
发帖数: 10908 | 70 生物貌似不太喜欢 bottom up 的思考方式。。。但如果要理解为什进化出 DNA 的复杂
结构以降低复制出错率，那就算是半经验半黑盒地理解或仿真模拟，为啥更简单的 RNA
反转录过程导致万分之一的数量级的出错率，我觉得是计算理论（半经验的计算理论
也比没有强）的基础，如果生物要往马工计算方向发展的话。。。
: 反转录酶的结构是解出来了，出错率也测出来了，每次复制每个碱基对有10^-5
到10^-4
: 的出错率。
: 但是要从氨基酸一级序列解释3D结构以及从量子力学角度解释出错率这个层次的
理解还
: 没有达到
: 有？
: domain
: 叫做
【在 x****6 的大作中提到】
: 这肯定是进化出来的结构，出错率再高就会出现mutational meltdown, 等于病毒自杀
: ，因为每次复制积累的有害突变太多了。
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J**S
发帖数: 25790 | 71 赞高清无码！！
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
:
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x****6
发帖数: 4339 | 72 "进化出 DNA 的复杂结构以降低复制出错率"
这句话的根据是什么？没听说过。
RNA
5
【在 t******l 的大作中提到】
: 生物貌似不太喜欢 bottom up 的思考方式。。。但如果要理解为什进化出 DNA 的复杂
: 结构以降低复制出错率，那就算是半经验半黑盒地理解或仿真模拟，为啥更简单的 RNA
: 反转录过程导致万分之一的数量级的出错率，我觉得是计算理论（半经验的计算理论
: 也比没有强）的基础，如果生物要往马工计算方向发展的话。。。
:
:
: 反转录酶的结构是解出来了，出错率也测出来了，每次复制每个碱基对有10^-5
: 到10^-4
:
: 的出错率。
:
: 但是要从氨基酸一级序列解释3D结构以及从量子力学角度解释出错率这个层次的
: 理解还
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J**S
发帖数: 25790 | 73 呵呵，作者暴露了。
【在 d*c 的大作中提到】
: 尼玛，还近距离高清无码，小鞭看岛国动作片时写的?
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t******l
发帖数: 10908 | 74 楼上说的 DNA 复制机制复杂是为了减低错误率
: "进化出 DNA 的复杂结构以降低复制出错率"
: 这句话的根据是什么？没听说过。
: RNA
: 5
【在 x****6 的大作中提到】
: "进化出 DNA 的复杂结构以降低复制出错率"
: 这句话的根据是什么？没听说过。
:
: RNA
: 5
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t******l
发帖数: 10908 | 75 打个不恰当的比方就是。。。你要是跟华人版大妈们解释台湾炸鸡店 TSMC 的高级光刻
车间，这拍一张果照要横一张竖一张斜过来再来两张叠加起来不算，每张还要做
Optical Proximation Correction 抵抗光的衍射，完了还要一大堆 design rule 说那
些 pose 不能摆拍，原因就是光会衍射。。。那华人版大妈们一定振振有词的说，军版
北京人用佳能无敌兔摆拍那些果照里，光线不是明明白白地走小学几何的直线么？要不
咋叫光线？。。。算了不说了，跟华人版大妈们交流，心真的很累。。。
: 楼上说的 DNA 复制机制复杂是为了减低错误率
【在 t******l 的大作中提到】
: 楼上说的 DNA 复制机制复杂是为了减低错误率
:
:
: "进化出 DNA 的复杂结构以降低复制出错率"
:
: 这句话的根据是什么？没听说过。
:
: RNA
:
: 5
:
|
x****6
发帖数: 4339 | 76 你可能理解或者表达错了。复制DNA的蛋白机器确实是进化出低出错率；但是DNA分子本
身由简单的ATCG四个核苷酸组成，没有什么复杂结构而言。
【在 t******l 的大作中提到】
: 楼上说的 DNA 复制机制复杂是为了减低错误率
:
:
: "进化出 DNA 的复杂结构以降低复制出错率"
:
: 这句话的根据是什么？没听说过。
:
: RNA
:
: 5
:
|
s*****r
发帖数: 11545 | 77 俺没搞错，俺不管啥定义，53顺序就是脸上最近那个核苷3位羟基进一步反应。35顺序
就是脸上最近那个核苷5位羟基进一步反应，从化学角度来说可以是三磷酸化的5位羟基
与下一个核苷的3位裸露羟基反应，也可以裸露的5位羟基与下一个核苷的3位三磷酸化
羟基反应，前者三磷酸根由于处于链上而不稳定，后者需要制造新类型的dntp. 跟你的
解释一个道理，只不过俺表达不清而已。
: 我觉得你这个理解倒过来了，5' 和3' 的原始定义就是从谁带三磷酸来定义过来
的。至
: 于对于酶动力学，你可以大致这么理解： 现在的情况是，每次核酸链延长一下
，出现
: 的产品就是一个带着暴露羟基的核酸链在那里等着带有高能键的dNTP过来。因为
羟基是
: 比较稳定的，暴露就暴露吧，多等一会也没关系。
: 如果是倒过来做的话，就会出现一个暴露着高能三磷酸的核酸链卡在酶里面等下
一个
: dNTP来贡献羟基的情况。但是高能三磷酸键卡在蛋白里面是不稳定的，因为会被
很多氨
: 基酸侧链攻击，所以很容易就出出现随机丢失这个三磷酸的现象，这样就会出现
一个没
: 有三磷酸的无效产物卡在酶里面不能被继续连接的情况，就必须把那个产物放弃
从头再
: 来。这样会导致复制效率非常的低。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得你这个理解倒过来了，5' 和3' 的原始定义就是从谁带三磷酸来定义过来的。至
: 于对于酶动力学，你可以大致这么理解： 现在的情况是，每次核酸链延长一下，出现
: 的产品就是一个带着暴露羟基的核酸链在那里等着带有高能键的dNTP过来。因为羟基是
: 比较稳定的，暴露就暴露吧，多等一会也没关系。
: 如果是倒过来做的话，就会出现一个暴露着高能三磷酸的核酸链卡在酶里面等下一个
: dNTP来贡献羟基的情况。但是高能三磷酸键卡在蛋白里面是不稳定的，因为会被很多氨
: 基酸侧链攻击，所以很容易就出出现随机丢失这个三磷酸的现象，这样就会出现一个没
: 有三磷酸的无效产物卡在酶里面不能被继续连接的情况，就必须把那个产物放弃从头再
: 来。这样会导致复制效率非常的低。
|
t******l
发帖数: 10908 | 78 我前面灌水写得不清楚，有二义性。。。我前面是指 DNA 复制机制,而不是 DNA 碱基
本身。。。当然我这也是前面看了楼上千老下弦月的帖子后紧急学习的，否则我根本不
知道啥复制机制。
或者还是打一个不恰当的比方，这好比 TSMC 和 UMC，买的都是同样级别的高纯硅圆晶
，用的都是台湾爱爱发电，但 UMC 性能和成品率就是不照，估计早晚要挂。。。
: 你可能理解或者表达错了。复制DNA的蛋白机器确实是进化出低出错率；但是DNA
分子本
: 身由简单的ATCG四个核苷酸组成，没有什么复杂结构而言。
【在 x****6 的大作中提到】
: 你可能理解或者表达错了。复制DNA的蛋白机器确实是进化出低出错率；但是DNA分子本
: 身由简单的ATCG四个核苷酸组成，没有什么复杂结构而言。
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h**c
发帖数: 1979 | |
x********e
发帖数: 35261 | 80 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重新加
dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化成NTP
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得你这个理解倒过来了，5' 和3' 的原始定义就是从谁带三磷酸来定义过来的。至
: 于对于酶动力学，你可以大致这么理解： 现在的情况是，每次核酸链延长一下，出现
: 的产品就是一个带着暴露羟基的核酸链在那里等着带有高能键的dNTP过来。因为羟基是
: 比较稳定的，暴露就暴露吧，多等一会也没关系。
: 如果是倒过来做的话，就会出现一个暴露着高能三磷酸的核酸链卡在酶里面等下一个
: dNTP来贡献羟基的情况。但是高能三磷酸键卡在蛋白里面是不稳定的，因为会被很多氨
: 基酸侧链攻击，所以很容易就出出现随机丢失这个三磷酸的现象，这样就会出现一个没
: 有三磷酸的无效产物卡在酶里面不能被继续连接的情况，就必须把那个产物放弃从头再
: 来。这样会导致复制效率非常的低。
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s******y
发帖数: 28562 | 81 想了一下，还真是！不好意思。有机化学都给我丢到爪瓦国去了。汗。。。
5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
NTP
【在 x********e 的大作中提到】
: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重新加
: dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化成NTP
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t******l
发帖数: 10908 | 82 具体千老学我不懂，但是从这个线程的上下文看，从马工的角度，这个可能就是在多线
程时钟不能确保同步时， 一步一sync 算法 和 乱中取胜sync 算法 的差别。
马工算法很多时候 counter-intuitive。。。这就好比父母版 pushy mama 推 Kumon
都喜欢 一步一sync 算法，因为 naive 的直观可控性好。。。但 AIME 就不行，常常
得 乱中取胜型sync。。。原因是 一步一sync 的最大缺点，是无法保证等待的sync 点
是个相对稳定点，而心算 AIME 时受大脑暂存 the magic number 7, plus minus 2 的
限制，结果在不稳定点 一步一sync 导致大脑暂存 DRAM 内容太多 refresh 电路超载
，结果大脑暂存 decay 导致心算 AIME 错误率急剧上升，效率下降，甚至直接心算失
败。。。而 乱中取胜型sync 就能选择合适的稳定点 sync 而避免上述问题，但代价是
sync 机制更复杂，否则就是有一颗 乱中取胜 的心，但只有一个 乱中崩溃 的命。。。
:
5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重
新加
: dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化
成NTP
【在 x********e 的大作中提到】
: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重新加
: dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化成NTP
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s*****r
发帖数: 11545 | 83 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇住。你
这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的挺适合
你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。 |
t******l
发帖数: 10908 | 84 哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈。。。属实！！！！
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇
住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的
挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
【在 s*****r 的大作中提到】
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
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t******l
发帖数: 10908 | 85 不过另一方面，我之所以能兴风作浪，本质上还是因为上面两位千老打铁自身不够硬。
首先，上面两位说了半天业没有说明白为啥没有反方向的酶。。。甚至连是不是理论上
不能存在呢，还是理论上可以存在但是没有进化出来，都没能回答。
第二个是 DNA lagging strand 复制错误率高，是进化出来的故意提高的出错率呢，还
是进化时降低出错率到今天的程度就可以了，也没解释。
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇
住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的
挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
【在 s*****r 的大作中提到】
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
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t******l
发帖数: 10908 | 86 当然我觉得打铁自身不够硬的底层还是在于，retro viro 反转录这种相对较小而简单
的机制，还做不到定量模型计算预测（预测个数量级也成），对于 DNA 复制就只能是
定性讨论了。。。定性讨论就不能太死抠自洽性和前瞻性了，差不多就行了，新的玩意
儿等实验结果出来再事后解释就是了。。。// run
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇
住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的
挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
【在 s*****r 的大作中提到】
: 提么法拉利你是当律师的大材，要不是俺也懂点分子生物学俺真被你这些帖子镇住。你
: 这个信心和口才在法庭真的能吓到不少人。好好想想，patent litigation真的挺适合
: 你的，尤其是码工方面也挺多案子。这赚得比码工还多，也没有荒费你的才能。
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s*****r
发帖数: 11545 | 87 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话就是5位加核苷
单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷单元后5位必须
重新三磷酸化，但是这解释隐含了三磷酸根必须在5位的假设，试想一下如果三磷酸根
位于核苷单元的3位不久没有这个重新三磷酸化的问题鸟么？假如细胞合成3位羟基三磷
酸化的核苷单元，那个酶的结构再改造一下不就可以走35顺序了么？省得搞那么多日本
人片段和primers...
:
5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重
新加
: dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化
成NTP
【在 x********e 的大作中提到】
: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重新加
: dNTP还得修复5'成三磷酸根，当然是3'加减都方便啦，游离dNDP有专门的酶转化成NTP
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t******l
发帖数: 10908 | 88 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另一种情
况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这两种情
况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法跟正向
酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
: 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话
就是5位
加核苷
: 单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷
单元后5
位必须
: 重新三磷酸化，但是这解释隐含了三磷酸根必须在5位的假设，试想一下
如果三
磷酸根
: 位于核苷单元的3位不久没有这个重新三磷酸化的问题鸟么？假如细胞合
成3位羟
基三磷
: 酸化的核苷单元，那个酶的结构再改造一下不就可以走35顺序了么？省得
搞那么
多日本
: 人片段和primers...
: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是
脱个磷酸根，
5'和
: 新加
: 成NTP
【在 s*****r 的大作中提到】
: 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话就是5位加核苷
: 单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷单元后5位必须
: 重新三磷酸化，但是这解释隐含了三磷酸根必须在5位的假设，试想一下如果三磷酸根
: 位于核苷单元的3位不久没有这个重新三磷酸化的问题鸟么？假如细胞合成3位羟基三磷
: 酸化的核苷单元，那个酶的结构再改造一下不就可以走35顺序了么？省得搞那么多日本
: 人片段和primers...
:
:
:
: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
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: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重
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s*****r
发帖数: 11545 | 89 冤枉！ 俺在43楼问了等价的问题，现在正在自言自语地讨论呢！
: 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另
一种情
: 况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这
两种情
: 况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法
跟正向
: 酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
:
【在 t******l 的大作中提到】
: 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另一种情
: 况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这两种情
: 况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法跟正向
: 酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
:
:
: 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话
: 就是5位
: 加核苷
:
: 单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷
: 单元后5
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t******l
发帖数: 10908 | 90 对于第三种情况，像我这个专利律师，从专利逻辑上就能看出来，如果反向酶存在并且
同时被使用，那导致 lagging strand 和 leading strand 一样都是连续生成，而两条
连续生成，那势必要在微观上严格同步，否则的话就要把 DNA 复制器给二马分尸了。
。。但 what if 海森堡同志说，这个两条车流的微观速度涨落无法严格保持一致。。
。于是左旋的立马先下手为强，抢下连续流的 TCP 端口 leading strand，而右旋的就
后下手遭殃，也只有断断续续然后接收方重新缓存排序的断续流 IP 端口可用了。
当然这还是专利合同律师的看法，但至少逻辑上构成全集不是？
: 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另
一种情
: 况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这
两种情
: 况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法
跟正向
: 酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
:
【在 t******l 的大作中提到】
: 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另一种情
: 况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这两种情
: 况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法跟正向
: 酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
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: 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话
: 就是5位
: 加核苷
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: 单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷
: 单元后5
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t******l
发帖数: 10908 | 91 我看了一下你的 43 楼，你确实问了差不多的问题。。。因为两个不同微观速度的连续
流，也不一定就是两马分尸，也可能是相互拉扯造成低效，或者错误率增高（附加的物
理化学动力）。。。但这不是两千老都在纠结零件能不能镜像反过来，只有我这个专利
合同律师在想另一种可能，就是零件反得过来，但是整机因为无法同步还买不到差速器
（differential），就只能左边轮子装同步发动机，右边轮子装异步发动机，差不多就
算齐活完工出厂销售，反正就是只白鼠，expendable。。。
: 冤枉！ 俺在43楼问了等价的问题，现在正在自言自语地讨论呢！
: 一种情
: 两种情
: 跟正向
【在 s*****r 的大作中提到】
: 冤枉！ 俺在43楼问了等价的问题，现在正在自言自语地讨论呢！
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: 你还是没看懂我说的意思。。。我的意思是，一种情况是反向酶不可能存在，另
: 一种情
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: 况是反向酶被使用（我这里特地用了马工 formal logics 避免二义性），但这
: 两种情
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: 况，逻辑学上不构成全集啊。。。还有第三种情况，是反向酶可能存在，但无法
: 跟正向
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: 酶一起同时被 DNA 复制机所使用？是不是可能？
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x********e
发帖数: 35261 | 92 leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35。而5-
>3和3->5同时复制更加复杂。你再想想
【在 s*****r 的大作中提到】
: 没错这样说更直接点，53顺序就是3位加核苷单元。假如存在35顺序的话就是5位加核苷
: 单元。下线月提出非常棒的解释，就是当5位加错核苷单元时切除该核苷单元后5位必须
: 重新三磷酸化，但是这解释隐含了三磷酸根必须在5位的假设，试想一下如果三磷酸根
: 位于核苷单元的3位不久没有这个重新三磷酸化的问题鸟么？假如细胞合成3位羟基三磷
: 酸化的核苷单元，那个酶的结构再改造一下不就可以走35顺序了么？省得搞那么多日本
: 人片段和primers...
:
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: 5'和3'说的是五碳糖的第几个碳…鱼教授你学艺不精啊。反正都是脱个磷酸根，5'和
:
: 3'加当然都可以。区别在于proofreading的难易程度。你要是5'加错了再切下重
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t******l
发帖数: 10908 | 93 如果两条连续流能时序同步，为啥正向酶和反向酶同时存在，会更复杂？
: leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35
。而5-
:
【在 x********e 的大作中提到】
: leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35。而5-
: >3和3->5同时复制更加复杂。你再想想
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s*****r
发帖数: 11545 | 94 俺就是认为两种方向复制同时存在的情况下复制可能更简单高效才问这个问题的，如果
俺能想明白就不存在这个问题鸟。
一套新的激酶以合成一套新的dntp;
聚合酶结构稍加变化；
35顺序rna primer.
好象就这样。
这样可以免除无数的primers, 免除剔去primers， 免除补充剔除primers留下的空间。
: leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35
。而5-
:
【在 x********e 的大作中提到】
: leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35。而5-
: >3和3->5同时复制更加复杂。你再想想
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x********e
发帖数: 35261 | 95 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有一套右
撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
【在 s*****r 的大作中提到】
: 俺就是认为两种方向复制同时存在的情况下复制可能更简单高效才问这个问题的，如果
: 俺能想明白就不存在这个问题鸟。
: 一套新的激酶以合成一套新的dntp;
: 聚合酶结构稍加变化；
: 35顺序rna primer.
: 好象就这样。
: 这样可以免除无数的primers, 免除剔去primers， 免除补充剔除primers留下的空间。
:
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: leading/lagging strand的问题只要你从一个方向复制就存在，无论是53还是35
: 。而5-
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t******l
发帖数: 10908 | 96 下弦月你这个完全没有科学精神啊。。。。。。钢琴完全是左右手同时弹奏，大谱表两
条旋律交相辉映的啊。。。键盘打字大部分人也是左右手交替，那边近就用哪只手。。
。再说了，每个人的心脏还分左心室右心室，也不见的二尖瓣就会把三尖瓣给累趴下。
。。你举的写字的例子完全不合适啊，写字既不是钢琴大谱表两行一起写，也不是把一
份稿子同时给抄成两份。。。
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
【在 x********e 的大作中提到】
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
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t******l
发帖数: 10908 | 97 另外照你这么说，人的两只脚长成同样方向好了，鞋子都不用区分左右两边了，耐克车
间主任和鞋店小二省多少事啊。。。
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
【在 x********e 的大作中提到】
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
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s*****r
发帖数: 11545 | 98 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇子一样
多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
【在 x********e 的大作中提到】
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有一套右
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
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t******l
发帖数: 10908 | 99 我觉得还有一种可能，是进化的时候，DNA 的两个拷贝机制是天生就是不对称的。。。
也就是好比 leading strand 那条是原版，lagging strand 那条是手抄本。
而在最初进化的时候，存在可能就啊 leading strand 那条原版要保持精确。。。而
lagging strand 那条就是看造化，运气不好就是 expendable，就好比产卵千枚，总有
存活下来的。。。后来发现产那么多卵也不是个事儿，就不断给 service pack
1234567，但换汤不换药，还是补丁，进化不够完全。
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇
子一样
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
: 在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
: 一套右
【在 s*****r 的大作中提到】
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇子一样
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
: 在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
:
:
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
: 一套右
:
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
:
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t******l
发帖数: 10908 | 100 如果按我专利律师上面的帖子的话，那其实是有两种 lagging strand 原因的假说。。
。一个是异步电机假说，另一个是手抄本产卵千枚假说。
但这两个假说在 lagging strand 修修补补杂碎的预测方面是不一样的。。。假设我们
能看到短 DNA 的原古原始原始生物的话：
那异步电机假说如果成立的话，那些 lagging strand 修修补补的杂碎的主干应该一开
始就有，如果不给力的话就根本无法复制，千分之一的正确率都不会有。
但如果手抄本产卵千枚假说成立的话，那么 lagging strand 即使没有那些杂碎，也应
该能够复制，也就是正确率低到千分之一，游离 DNA 单链到处像星光那样跪求内射成
双旋。。。而那时因为没有竞争对手，三千年才分裂一次也不是个事儿。
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇
子一样
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
: 在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
: 一套右
【在 s*****r 的大作中提到】
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇子一样
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
: 在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
:
:
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
: 一套右
:
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
:
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G****e
发帖数: 1912 | 101 这个才是真正的科学！
国内的除了抄和偷，就是吹牛比。
【在 W*****B 的大作中提到】
: 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
:
: ：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: ：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: ：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: ：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生
: 物知识，颠覆了整个科学界！
: ：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则
: 、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
|
x********e
发帖数: 35261 | 102 你脑子缺根筋吗？知道手性和镜相的意义吗？我举左右撇子只是打个比方，按照这个逻
辑，左撇子的琴应该是左边高音右边低音，左撇子的键盘也要镜相一下，左撇子的文字
从右往左。
【在 t******l 的大作中提到】
: 下弦月你这个完全没有科学精神啊。。。。。。钢琴完全是左右手同时弹奏，大谱表两
: 条旋律交相辉映的啊。。。键盘打字大部分人也是左右手交替，那边近就用哪只手。。
: 。再说了，每个人的心脏还分左心室右心室，也不见的二尖瓣就会把三尖瓣给累趴下。
: 。。你举的写字的例子完全不合适啊，写字既不是钢琴大谱表两行一起写，也不是把一
: 份稿子同时给抄成两份。。。
:
:
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
: 一套右
:
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
:
|
x********e
发帖数: 35261 | 103 智商堪忧…DNA复制哪来的53/35相同数目？如果真发明一个35复制，所有复制的酶促系
统都必须有两套。同时进行的时候你怎么区别哪条链/什么时候用53还是35系统？
【在 s*****r 的大作中提到】
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇子一样
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
: 在dna复制这个问题上， 35与53是相同数目的。
:
:
: 你想象一下左撇子都用一套左撇子专用工具写字也从右往左写，同时右撇子也有
: 一套右
:
: 撇子专用的东西和文字规则，两者比例各占百分之五十。你日常生活累不累？
:
|
s*****r
发帖数: 11545 | 104 一链53另一链35难道不是这样的？ 当然有三链dna 单链dna 甚至pna... 但是这好象不
是你衡量俺智商的证据。
至于如何确定，细胞自然会知道模板链的顺序。
还有两套的说法，好象也没多出什么东西嘛。而现在按53顺序复制滞后链要采用的工具
也不少。
俺觉得提么法拉利说得有点道理，最初细胞dna不长，复制时是完全分开成两条模板均
按53顺序复制，没有先导滞后的区别，后来细胞dna稍长，不能完全打开，但是没有压
力去进化出35顺序，因为稍稍改动就行，后来dna越来越长，只能边打开边复制，但是
由于进化是渐进性积累性的，所以没有35顺序。
: 智商堪忧…DNA复制哪来的53/35相同数目？如果真发明一个35复制，所有复制的
酶促系
: 统都必须有两套。同时进行的时候你怎么区别哪条链/什么时候用53还是35系统？
【在 x********e 的大作中提到】
: 智商堪忧…DNA复制哪来的53/35相同数目？如果真发明一个35复制，所有复制的酶促系
: 统都必须有两套。同时进行的时候你怎么区别哪条链/什么时候用53还是35系统？
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x********e
发帖数: 35261 | 105 你们俩慢慢折腾吧，不奉陪了
【在 s*****r 的大作中提到】
: 一链53另一链35难道不是这样的？ 当然有三链dna 单链dna 甚至pna... 但是这好象不
: 是你衡量俺智商的证据。
: 至于如何确定，细胞自然会知道模板链的顺序。
: 还有两套的说法，好象也没多出什么东西嘛。而现在按53顺序复制滞后链要采用的工具
: 也不少。
: 俺觉得提么法拉利说得有点道理，最初细胞dna不长，复制时是完全分开成两条模板均
: 按53顺序复制，没有先导滞后的区别，后来细胞dna稍长，不能完全打开，但是没有压
: 力去进化出35顺序，因为稍稍改动就行，后来dna越来越长，只能边打开边复制，但是
: 由于进化是渐进性积累性的，所以没有35顺序。
:
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t******l
发帖数: 10908 | 106 你是真正搞生物科学的，所以 存在就是合理 的思考方式也是对的。。。而不像我们民
科，主要是当 十万个为神马 来民科 brainstorm 的。
【在 x********e 的大作中提到】
: 你们俩慢慢折腾吧，不奉陪了
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s*****r
发帖数: 11545 | 107 这其实算不了什么科学，按照下线月等的说法，他们所发现的简直就是顺理成章的事，
与以往的理论完全吻合，没什么大发现，意义也不大，就是获得鸟直观的直接证据而已
，其贡献和用途完全比不上颜宁十一公的晶体结构工厂妹干活。
: 这个才是真正的科学！
: 国内的除了抄和偷，就是吹牛比。
【在 G****e 的大作中提到】
: 这个才是真正的科学！
: 国内的除了抄和偷，就是吹牛比。
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t******l
发帖数: 10908 | 108 也就是男上女下式对称,还是 69 口交式对称的差别。。。还能有啥？
这个逻
的文字
【在 x********e 的大作中提到】
: 你脑子缺根筋吗？知道手性和镜相的意义吗？我举左右撇子只是打个比方，按照这个逻
: 辑，左撇子的琴应该是左边高音右边低音，左撇子的键盘也要镜相一下，左撇子的文字
: 从右往左。
|
t******l
发帖数: 10908 | 109 你这个有逻辑悖论，具体悖论如下：
如果数学上无法区分 “哪条链/什么时候用53还是35系统”，那说明数学上53酶和35酶
等价，只要用一个酶就可以了。
那如果53酶和35酶不一样，那数学上一定存在一个能够区分 “哪条链/什么时候用53还
是35系统”。
当然关键在于，数学上存在的系统，不等于物理上也存在，或者能够进化出来。。。所
以这个其实就是区分马工学和生物学的差别了，具体而言：
马工学老板一般问三个问题：
一：这玩意儿我们厂子里是不是标配？
二：如果没有标配的话，那么理论上（数学上）是不是存在这种标配？
三：如果理论上存在这种标配，但我们厂子目前没有标配的话，那我从储备组搞仨屌丝
过来，仨月够不够搞出那个标配”？
而生物学老板一般只问一个问题：
一：这玩意儿目前存在不存在？反正存在就是合理。目前不存在就算了别忙乎了。
// run
【在 x********e 的大作中提到】
: 智商堪忧…DNA复制哪来的53/35相同数目？如果真发明一个35复制，所有复制的酶促系
: 统都必须有两套。同时进行的时候你怎么区别哪条链/什么时候用53还是35系统？
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t******l
发帖数: 10908 | 110 具体对于钢琴的问题，主调音乐左右手不对称，但复调音乐左右手完全对称（比如巴赫
的赋格）。在复调音乐里，你听到的高音vs低音不对称完全是你的 sensory illusion
，数学上高音和低音完全对称等价，上行和下行就是时间反演不变性。
当然在大多数流行歌曲主调音乐里，左右手不对称。。。在书写的文字里，左右手也不
对称。。。但这个楼上有说了，一个因子是世界上上右撇子远多于左撇子。另一个因子
是左撇子跟右撇子还需要交流，也就是需要同一个符号体系。。。否则的话，完全可以
两套。。。而 DNA 复制时，楼上说了 53 和 35 的数量完全一致，一半一半。。。而
且复制后的两条也不互相再继续交流纠缠。
而且书写文字里还存在一个反例，中文古代毛笔字都是从右往左写，还是先上下后右左
。而现代钢笔字完全是西方的从左往右然后从上往下。。。这个说明如果不互相交流的
话，两套左右专职系统毫无压力，而且更高效。
【在 x********e 的大作中提到】
: 你脑子缺根筋吗？知道手性和镜相的意义吗？我举左右撇子只是打个比方，按照这个逻
: 辑，左撇子的琴应该是左边高音右边低音，左撇子的键盘也要镜相一下，左撇子的文字
: 从右往左。
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n**e
发帖数: 1296 | 111 生物体本来就是无序的，但规则是在的，是按照简化的物理规则来制定的。
这有什么稀奇呢。。。物理的简化、精炼和精确，和生物的复杂、冗余和容错，根本就
是两个不矛盾的套路。。。
【在 C****o 的大作中提到】
: 人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: 2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: 近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: 半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生物
: 知识，颠覆了整个科学界！
: 传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则、
: 半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
: 作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
:
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s*****r
发帖数: 11545 | 112 I always want to make a career transition from bioass to computer coding,
but I worry about my iq. I wonder if I could understand the math behind the
codes.
: 你这个有逻辑悖论，具体悖论如下：
: 如果数学上无法区分 “哪条链/什么时候用53还是35系统”，那说明数学上53酶
和35酶
: 等价，只要用一个酶就可以了。
: 那如果53酶和35酶不一样，那数学上一定存在一个能够区分 “哪条链/什么时候
用53还
: 是35系统”。
: 当然关键在于，数学上存在的系统，不等于物理上也存在，或者能够进化出来。
。。所
: 以这个其实就是区分马工学和生物学的差别了，具体而言：
: 马工学老板一般问三个问题：
: 一：这玩意儿我们厂子里是不是标配？
: 二：如果没有标配的话，那么理论上（数学上）是不是存在这种标配？
【在 t******l 的大作中提到】
: 具体对于钢琴的问题，主调音乐左右手不对称，但复调音乐左右手完全对称（比如巴赫
: 的赋格）。在复调音乐里，你听到的高音vs低音不对称完全是你的 sensory illusion
: ，数学上高音和低音完全对称等价，上行和下行就是时间反演不变性。
: 当然在大多数流行歌曲主调音乐里，左右手不对称。。。在书写的文字里，左右手也不
: 对称。。。但这个楼上有说了，一个因子是世界上上右撇子远多于左撇子。另一个因子
: 是左撇子跟右撇子还需要交流，也就是需要同一个符号体系。。。否则的话，完全可以
: 两套。。。而 DNA 复制时，楼上说了 53 和 35 的数量完全一致，一半一半。。。而
: 且复制后的两条也不互相再继续交流纠缠。
: 而且书写文字里还存在一个反例，中文古代毛笔字都是从右往左写，还是先上下后右左
: 。而现代钢笔字完全是西方的从左往右然后从上往下。。。这个说明如果不互相交流的
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t******l
发帖数: 10908 | 113 这么说有一定道理。。。但是还存在计算科学：既有数学的简洁逻辑自洽，又有物理的
简化建模，同时还有生物的复杂冗余容错。而且还非常坑爹！！！！！！
生物的特点主要还是 “存在就是合理” 的思考方式。。。如果计算科学也这么干，那
么素数单向加密公钥系统永远都出不来。。。当然主要还是生物目前还是科学的初级阶
段，生物制药还不能做到 iphone 8 的硬件软件主要看设计能力，估计目前还是 “刷
试管的运气就是最大的生物制药实力” 阶段，所以 “存在就是合理” 的思考方式也
不错就是了。
【在 n**e 的大作中提到】
: 生物体本来就是无序的，但规则是在的，是按照简化的物理规则来制定的。
: 这有什么稀奇呢。。。物理的简化、精炼和精确，和生物的复杂、冗余和容错，根本就
: 是两个不矛盾的套路。。。
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t******l
发帖数: 10908 | 114 我觉得你说的 “没有进化压力” 这点，从逻辑上说是 plausible 的。具体而言：
首先的假设是：DNA 双旋结构，最初不是为了复制而进化出来的。最初是为了对抗 RNA
的不稳定性，而进化出来的更稳定的结构。。。关于这个的 plausibility，我觉得有
RNA retro virus 的 RNA reverse transcription 机制可以说明。这个我单田芳下贴
再说，这里先承认这个假设。
如果承认以上假设，那在原始古代 DNA 有进化出复制的进化压力时，首先的进化压力
是提高复制正确率。。。这是因为根据热力学信息熵增加原理，复制出错（熵增大）是
理所当然，复制不错（熵减小）才是奇迹。。。原始古代 DNA 刚进化出复制两条的能
力，那 coding 一定是一堆 bug 没跑。。。
（当然生物学大牛们可能会问，复制不错为啥是 “熵减小” 而不是 “熵不变”？。
。。这个问题数学上是 trivial，因为从一条有序变成两条有序，有序更多了，熵当然
是减小了。。。当然 trivial 的问题也会被问到，所以还是提一下，以免认为没有想
到）。
但在原始古代 DNA 进化出复制成两条能力的时候，不能 naively 的先入为主地认为。
。。即使在总体错误率一样的情况下（算术平均值），平均分配错误率就一定是进化生
存方式。。。另外还需要考虑的是，对称双旋在数学上形成两套（对称是 congruent
不是 equivalent），平均分配错误需要 2x 的 coding length 的 big O，这还有 big
O 的限制。
<单田芳：待续>
【在 s*****r 的大作中提到】
: 一链53另一链35难道不是这样的？ 当然有三链dna 单链dna 甚至pna... 但是这好象不
: 是你衡量俺智商的证据。
: 至于如何确定，细胞自然会知道模板链的顺序。
: 还有两套的说法，好象也没多出什么东西嘛。而现在按53顺序复制滞后链要采用的工具
: 也不少。
: 俺觉得提么法拉利说得有点道理，最初细胞dna不长，复制时是完全分开成两条模板均
: 按53顺序复制，没有先导滞后的区别，后来细胞dna稍长，不能完全打开，但是没有压
: 力去进化出35顺序，因为稍稍改动就行，后来dna越来越长，只能边打开边复制，但是
: 由于进化是渐进性积累性的，所以没有35顺序。
:
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t******l
发帖数: 10908 | 115 而从专利律师单田芳的角度，首先总得把可能的算法错误给归类一下，至少搞个不会自
相矛盾的 if-then-else 覆盖。而从这个角度看，忽略空间解旋和回旋的几何错误，仅
仅看 ATCG 的顺序 lex yacc 字符错误，差不多应该是这么看：
1. 正常复制出来的两条新单链上的错误。
2. 原来两条旧单链，因为解旋以后不如双旋稳定，而导致原来旧单链的错误。具体可
能有以下四种情况：
2.1 被偷偷插入或者搞掉一段，但旧单链整体还是稳定存在，这种李云迪敲错两音符的
错误。
2.2 旧单链当中断了，被断成两截，这种李云迪弹到一半忘谱再也没想起来，于是直接
霸气离场也不退门票型错误。
2.3 旧单链本身没错，但是某个位置在53酶还没有跑到的时候，随机给 attach 了对面
的互补 ATCG 一段。。。虽然这段也没错，但53酶跑到那里的时候，发现已经有雷锋把
活给偷偷干了，顿时情何以堪。。。
2.4 旧单链在空间随机扭曲的时候，不幸自己的 ATCG 跟自己互补的 TAGC 给撞上，然
后自己跟自己他娘的就搂在一起她就高潮了。。。然后53酶跑到那里的时候一看，大骂
尼玛我是装配工不是小蜜小三不知道怎么拆散鸳鸯。。。
<单田芳：待续>
RNA
【在 t******l 的大作中提到】
: 我觉得你说的 “没有进化压力” 这点，从逻辑上说是 plausible 的。具体而言：
: 首先的假设是：DNA 双旋结构，最初不是为了复制而进化出来的。最初是为了对抗 RNA
: 的不稳定性，而进化出来的更稳定的结构。。。关于这个的 plausibility，我觉得有
: RNA retro virus 的 RNA reverse transcription 机制可以说明。这个我单田芳下贴
: 再说，这里先承认这个假设。
: 如果承认以上假设，那在原始古代 DNA 有进化出复制的进化压力时，首先的进化压力
: 是提高复制正确率。。。这是因为根据热力学信息熵增加原理，复制出错（熵增大）是
: 理所当然，复制不错（熵减小）才是奇迹。。。原始古代 DNA 刚进化出复制两条的能
: 力，那 coding 一定是一堆 bug 没跑。。。
: （当然生物学大牛们可能会问，复制不错为啥是 “熵减小” 而不是 “熵不变”？。
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t******l
发帖数: 10908 | 116 另一个角度，从生物有简单到复杂的进化过程（其实也就是对抗热力学熵的难度很大）
。。。楼上 scraper 所提出的，远古原始旧生物的短链 DNA 复制，也许是先完全解旋
，然后两个53酶各自跑到 69 口交姿势的两个脑袋处开始口，这个是完全 plausible
的一种情况。（当然 plausible 不一定就意味着历史上发生，都是假说）。。。因为
跑两头口总之比搞两个对称酶简单，符合原始简单生物 USB drive 太小的做派。
但这里有个问题是，解旋后的旧单链，远不如双旋的稳定，就是上面的第二类错误。。
。但这个第二类错误是有进化劣势的。。。也就是说，数学上绝代佳人的不可预见性
vs 数学上壮烈炮灰的可预见性。。。因为绝代佳人你也不知道人明年生了个九胞胎一
记重拳秒杀拼图姐，但壮烈了炮灰挂了就一百万年也不可能赢拼图姐了。
而从这个角度说，降低解旋后旧单链的长度（也就是单链存在时间），是一种需要的进
化优势。。。这样部分 on-demand 解旋而不是完全解旋，就变得顺理成章 plausible。
<单田芳：待续>
【在 t******l 的大作中提到】
: 而从专利律师单田芳的角度，首先总得把可能的算法错误给归类一下，至少搞个不会自
: 相矛盾的 if-then-else 覆盖。而从这个角度看，忽略空间解旋和回旋的几何错误，仅
: 仅看 ATCG 的顺序 lex yacc 字符错误，差不多应该是这么看：
: 1. 正常复制出来的两条新单链上的错误。
: 2. 原来两条旧单链，因为解旋以后不如双旋稳定，而导致原来旧单链的错误。具体可
: 能有以下四种情况：
: 2.1 被偷偷插入或者搞掉一段，但旧单链整体还是稳定存在，这种李云迪敲错两音符的
: 错误。
: 2.2 旧单链当中断了，被断成两截，这种李云迪弹到一半忘谱再也没想起来，于是直接
: 霸气离场也不退门票型错误。
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S*******l
发帖数: 4637 | 117 熵增熵减不能只考虑大分子本身，还有他们周边的溶剂分子。
系统熵未必是减少的。
比如hydrophoic interaction的一个动力就是熵增，大分子憎水面结合，排挤出被迫有
序排列的溶剂分子，系统熵增。
RNA
【在 t******l 的大作中提到】
: 我觉得你说的 “没有进化压力” 这点，从逻辑上说是 plausible 的。具体而言：
: 首先的假设是：DNA 双旋结构，最初不是为了复制而进化出来的。最初是为了对抗 RNA
: 的不稳定性，而进化出来的更稳定的结构。。。关于这个的 plausibility，我觉得有
: RNA retro virus 的 RNA reverse transcription 机制可以说明。这个我单田芳下贴
: 再说，这里先承认这个假设。
: 如果承认以上假设，那在原始古代 DNA 有进化出复制的进化压力时，首先的进化压力
: 是提高复制正确率。。。这是因为根据热力学信息熵增加原理，复制出错（熵增大）是
: 理所当然，复制不错（熵减小）才是奇迹。。。原始古代 DNA 刚进化出复制两条的能
: 力，那 coding 一定是一堆 bug 没跑。。。
: （当然生物学大牛们可能会问，复制不错为啥是 “熵减小” 而不是 “熵不变”？。
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t******l
发帖数: 10908 | 118 整个封闭系统熵肯定增大，否则违背热力学定律。。。这个讲的“熵减小”，是指生命
子系统在其生存繁殖的有限的时空内，该（开放）子系统的“熵减小”。而这个是生命
的基本特征之一。。。当然这个“开放”也说明生命子系统一定得吃喝拉撒，如果是植
物那晒太阳也算吃。。。
【在 S*******l 的大作中提到】
: 熵增熵减不能只考虑大分子本身，还有他们周边的溶剂分子。
: 系统熵未必是减少的。
: 比如hydrophoic interaction的一个动力就是熵增，大分子憎水面结合，排挤出被迫有
: 序排列的溶剂分子，系统熵增。
:
: RNA
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t******l
发帖数: 10908 | 119 但问题是，on-demand 解旋，没有 plausible 的解释为啥没有出现35酶。。。或者说
，没有出现35酶纯粹是进化上的偶然，还是进化上一定程度的必然。
当然这个问题取决于是从严肃的科学工作者角度，还是民科的角度。。。如果从严肃科
学家的角度，考虑到“千老要吃饭”的正常生理需求，那么从 “存在就是必然” 出发
，加上两万字的虚词，一片 paper 出炉，然后回家老婆孩子热炕头。人之常情。
但是如果从民科的角度出发，那民科又不靠这玩意儿吃饭，也就是个弃婴所说的偷窥女
厕所的好奇心。。。所以民科还是要想想万一如果不是 “存在就是必然的情况”。
而从民科的角度，那首先是搞个科幻电影，想象一下如果 35 酶也存在，那这个电影的
旖旎情节应该如何导演。
<单田芳：上厕所的能力我比不过文贵，我先去上厕所了，下面由著名导演李安同志来
说书一宿>
【在 t******l 的大作中提到】
: 另一个角度，从生物有简单到复杂的进化过程（其实也就是对抗热力学熵的难度很大）
: 。。。楼上 scraper 所提出的，远古原始旧生物的短链 DNA 复制，也许是先完全解旋
: ，然后两个53酶各自跑到 69 口交姿势的两个脑袋处开始口，这个是完全 plausible
: 的一种情况。（当然 plausible 不一定就意味着历史上发生，都是假说）。。。因为
: 跑两头口总之比搞两个对称酶简单，符合原始简单生物 USB drive 太小的做派。
: 但这里有个问题是，解旋后的旧单链，远不如双旋的稳定，就是上面的第二类错误。。
: 。但这个第二类错误是有进化劣势的。。。也就是说，数学上绝代佳人的不可预见性
: vs 数学上壮烈炮灰的可预见性。。。因为绝代佳人你也不知道人明年生了个九胞胎一
: 记重拳秒杀拼图姐，但壮烈了炮灰挂了就一百万年也不可能赢拼图姐了。
: 而从这个角度说，降低解旋后旧单链的长度（也就是单链存在时间），是一种需要的进
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t******r
发帖数: 8600 | 120 11宫做的是什么几把东东？
: 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
: ：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: ：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: ：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发
表成果称
: ：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实
证明人类
: ：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所
学的生
: 物知识，颠覆了整个科学界！
: ：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配
对原则
: 、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等
物质分别
: ：作用于链状结构，使得新产生的遗传物质与母体完全匹配。
【在 W*****B 的大作中提到】
: 这个比施一公和彦宁做的东西有意义多了吧？
:
: ：人类首次拍摄DNA复制！美科学家：人类理论完全瞎编，中学课本错误百出！
: ：2017-06-21 环球科学大观 基因谷
: ：近日，来自美国加利福尼大学的科学家Stephen博士在顶级杂志《Cell》上发表成果称
: ：，所在团队创奇迹般的摄录了单个DNA分子复制的近距离高清无码影像。事实证明人类
: ：半个多世纪以来“臆想”的模型是何其错误百出，此发现彻底改写我们高中所学的生
: 物知识，颠覆了整个科学界！
: ：传统观念中，DNA双螺旋结构由4类不同碱基相互交织成链。在遵循碱基互补配对原则
: 、半保留复制与半不连续复制等规则的条件下，解旋酶、DNA聚合酶与连接酶等物质分别
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t******l
发帖数: 10908 | 121 大导演李安在制片厂语重心长地娓娓道来：
夜来香同志的这部经典科幻小说《一个女演员的激情戏》，要这么拍出其精髓：
当银幕向左右缓缓拉开时，著名男演员梁潮伟和著名女演员汤佳芝，在舞台上慵懒而昏
暗的灯光下，忘我激情地 69 互口。这仿佛连台上滴答滴答的时钟丝毫都不存在，空气
都已经凝固，而汤佳芝的身下却是一片汪洋。
良久，尔后梁潮伟不知何故，微微地抬起了头，若有所思的眼神在地面孤独地游荡。而
汤佳芝依旧眼神迷离，心绪汪洋。
说时迟，那时快。。。一个53酶迅速跑来，在梁潮伟还没来及的反应过来时，一小罐
Listerine 已经灌入梁同学的错愕的口腔。。。而花开两朵、各表一枝的同时，一个35
酶也同时奔袭而来，让一小罐洁尔阴，逆着汪洋，涌入汤佳芝柔嫩的阴道。而汤佳芝此
时却仿佛对身下发生的这一切毫无察觉，只是微微的颤抖了一下，继续迷离，继续汪洋。
（画外音一：这些都是为了避免 HSV type 3 的传播）。
（画外音二：这里的 Listerine vs 洁尔阴，数学地证明了 congruent 不等于
equivalent，换着用不一定能阻断 HSV type 3 的传播）。
而此时郭文贵同志扔给53酶和35酶一些仿真娃娃的部件，对着台下大声地说：“一切已
经刚刚开始”。。。
【在 t******l 的大作中提到】
: 但问题是，on-demand 解旋，没有 plausible 的解释为啥没有出现35酶。。。或者说
: ，没有出现35酶纯粹是进化上的偶然，还是进化上一定程度的必然。
: 当然这个问题取决于是从严肃的科学工作者角度，还是民科的角度。。。如果从严肃科
: 学家的角度，考虑到“千老要吃饭”的正常生理需求，那么从 “存在就是必然” 出发
: ，加上两万字的虚词，一片 paper 出炉，然后回家老婆孩子热炕头。人之常情。
: 但是如果从民科的角度出发，那民科又不靠这玩意儿吃饭，也就是个弃婴所说的偷窥女
: 厕所的好奇心。。。所以民科还是要想想万一如果不是 “存在就是必然的情况”。
: 而从民科的角度，那首先是搞个科幻电影，想象一下如果 35 酶也存在，那这个电影的
: 旖旎情节应该如何导演。
: <单田芳：上厕所的能力我比不过文贵，我先去上厕所了，下面由著名导演李安同志来
|
t******l
发帖数: 10908 | 122 但问题在于李安哥们的理想很丰满，但制片厂捉襟见肘缺少经费的现实很骨感。。。在
付完梁潮伟和汤佳芝两位名演员的高昂工资以后，剩下就没钱了，只能请文贵这种不要
钱的还特别想上镜头的群众演员了。
但群众演员郭文贵同志是出了名的不靠谱，这哥们给53酶和35酶扔真人娃娃部件，靠谱
过哪怕就一次没有。。。这文贵之不确定性，或者说微观不确定性，实在是超乎李安哥
们的想象力。。。经常是一个酶累死，另一个酶无米之炊。。。然后待会儿又反过来。
而文贵同志的这种不靠谱性，直接导致了梁潮伟和汤佳芝之间，解旋成两互不接触、但
又没装上真人娃娃部件的孤独单链部分，长度显著增长，而旧单链的错误率急剧提高。
。。这是因为要保持两个不同速度不同步的非匀速连续流，一直保持正常工作的要求。
。。而远古生物简单 DNA 都不一定有限速器。。。这种不同步直接导致梁潮伟无法保
持硬朗，而汤佳芝无法一直汪洋。。。结果李安同志只好万般无奈地大喊一声 CUT！！
【在 t******l 的大作中提到】
: 大导演李安在制片厂语重心长地娓娓道来：
: 夜来香同志的这部经典科幻小说《一个女演员的激情戏》，要这么拍出其精髓：
: 当银幕向左右缓缓拉开时，著名男演员梁潮伟和著名女演员汤佳芝，在舞台上慵懒而昏
: 暗的灯光下，忘我激情地 69 互口。这仿佛连台上滴答滴答的时钟丝毫都不存在，空气
: 都已经凝固，而汤佳芝的身下却是一片汪洋。
: 良久，尔后梁潮伟不知何故，微微地抬起了头，若有所思的眼神在地面孤独地游荡。而
: 汤佳芝依旧眼神迷离，心绪汪洋。
: 说时迟，那时快。。。一个53酶迅速跑来，在梁潮伟还没来及的反应过来时，一小罐
: Listerine 已经灌入梁同学的错愕的口腔。。。而花开两朵、各表一枝的同时，一个35
: 酶也同时奔袭而来，让一小罐洁尔阴，逆着汪洋，涌入汤佳芝柔嫩的阴道。而汤佳芝此
|
t******l
发帖数: 10908 | 123 这里的另一个问题是错误率分配问题，53酶35酶这种对称体系，在微观速度无法同步的
情况下，可以想象旧链错误率在两条旧单链上是基本平均分配的。
但这里还有一个统计学 vs 混沌学的问题。
统计学的理念是 fancy approximate present determine fancy approximate future
。。。打个比方就是如果梁潮伟哥们不小心出错，不幸把几把给丢了。。。那也就是碗
大一个疤，虽然内射汤佳芝是铁定不行了，但是给王佳芝口到一片汪洋还是一点问题也
不会有。。。所谓的 fancy approximate present determine fancy approximate
future。
但问题是混沌学的存在，也就是 approximate present do not approximately
determine future。。。这个打个比方就是，如果梁潮伟哥们不小心出错，但这次不是
把几把给丢了，而是把脑袋给丢了。。。虽然也是碗大一个疤，但这咋地都不可能跟王
佳芝一起拍片《一个女演员的激情戏》了。
而师从统计学还是师从混沌学，直接导致是平均分配错误，还是优先保证嫡系部队国38
军74师不摔死在孟良崮，关系极大。
而对于远古 DNA 的情况，可以想象基本是混沌学，这么短小简单无容错机制的原始
DNA，丢了任何部分跟丢了脑袋摔死在孟良崮，差别不大。
【在 t******l 的大作中提到】
: 但问题在于李安哥们的理想很丰满，但制片厂捉襟见肘缺少经费的现实很骨感。。。在
: 付完梁潮伟和汤佳芝两位名演员的高昂工资以后，剩下就没钱了，只能请文贵这种不要
: 钱的还特别想上镜头的群众演员了。
: 但群众演员郭文贵同志是出了名的不靠谱，这哥们给53酶和35酶扔真人娃娃部件，靠谱
: 过哪怕就一次没有。。。这文贵之不确定性，或者说微观不确定性，实在是超乎李安哥
: 们的想象力。。。经常是一个酶累死，另一个酶无米之炊。。。然后待会儿又反过来。
: 而文贵同志的这种不靠谱性，直接导致了梁潮伟和汤佳芝之间，解旋成两互不接触、但
: 又没装上真人娃娃部件的孤独单链部分，长度显著增长，而旧单链的错误率急剧提高。
: 。。这是因为要保持两个不同速度不同步的非匀速连续流，一直保持正常工作的要求。
: 。。而远古生物简单 DNA 都不一定有限速器。。。这种不同步直接导致梁潮伟无法保
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t******l
发帖数: 10908 | 124 而这时单田芳同志终于拉完大号回来了。而这时映入单田芳同志眼帘的就是，李安同学
跟郭文贵正相互怄气中。
而单田芳同志看了看舞台上梁潮伟和汤佳芝男默女泪的情况，顿时明白是咋回事了。
于是单田芳跟李安同志说：这个文贵的不靠谱，你也没啥办法，毕竟你就那点拍戏资金
。。。但这个问题是在于53酶和35酶在梁潮伟和汤佳芝平均分配错误，而因为错误的后
果师从混沌学，导致基本这两个高成本演员都挂掉，然后你就没有模板和资金继续拍戏
了。
所以我单田芳的建议就是，确保梁潮伟这个名演员金唱片模板不出错，保留53酶。这样
你失败了也可以明天再拍，屡败屡战。。。总有成功机会，只要一次成功就可以出货大
片《一个女演员的激情戏》了。。。当然资金有限，那汤佳芝就只能改成手抄本，错误
率高点无所谓，expendable。。。35酶我们就不要了，也不用连续流保证女演员的正确
率。。。只要梁潮伟这个金唱片模板在，女演员就找他妈的一百个便宜的，断断续续拍
完以后蒙太奇！！！。。。
单田芳话还没讲完，刚才还垂头丧气的郭文贵同学，立刻激动站起来大声问道，“是不
是 100？是不是 100？哥们你是不是要 100？我立刻就去给你爆料北大百人团！！！”。
李安同志这时半信半疑地问郭文贵同学：“哥们你到底爆料的是北大还是北影？”。。
。单田芳语重心长的对李安说：“哥们您别管北大还是北影还是北师大，反正爱情动作
片里面的女演员既不需要硬朗，女演员也不会有不应期。。。你就拍动作片前，给女演
员多用点情趣润滑液，以及用情趣震动棒让女演员事先酝酿好情绪。屡败屡战，搞它个
百人团，每个女演员试镜100次，拍成断断续续的，然后用 primer 蒙太奇拼接成连续
胶片。。。这样以大马哈鱼产卵万枚的理念，你只要有万分之一的正确率，哪怕是万分
之九千九百九十九的错误率，你的大片还是能如期上映”。
李安同志听了觉得很有道理，但还是嘴闲问了一句曰：“万一郭文贵找的百人团不是北
影的，女演员身材太差咋办”。。。眼看着郭文贵看着就要怒了，这时单田芳说了一句
：“这个问题 trivial，你就让军版著名果照 PS 专家北京人同学给 PS 一下，保证比
北影更北影，比清华更奶茶！”。
于是后来影片如期在 Nature 影院上映，当然李安同学把片名改个政治正确的名字叫《
色戒》，这样市场逼格就很高，在华人版大妈群里销售火爆。当然本质上还是夜来香同
志的唯美型爱情动作片。
future
【在 t******l 的大作中提到】
: 这里的另一个问题是错误率分配问题，53酶35酶这种对称体系，在微观速度无法同步的
: 情况下，可以想象旧链错误率在两条旧单链上是基本平均分配的。
: 但这里还有一个统计学 vs 混沌学的问题。
: 统计学的理念是 fancy approximate present determine fancy approximate future
: 。。。打个比方就是如果梁潮伟哥们不小心出错，不幸把几把给丢了。。。那也就是碗
: 大一个疤，虽然内射汤佳芝是铁定不行了，但是给王佳芝口到一片汪洋还是一点问题也
: 不会有。。。所谓的 fancy approximate present determine fancy approximate
: future。
: 但问题是混沌学的存在，也就是 approximate present do not approximately
: determine future。。。这个打个比方就是，如果梁潮伟哥们不小心出错，但这次不是
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t******l
发帖数: 10908 | 125 但这个还有另一个数学理论上可能的解决方案，也就是不需要北大百人团，而是不让文
贵同学扔散件，要扔就扔 AT 对或者 GC 对这种偶极子，然后两头 match 上了再当中
断开。。。这样可以在53酶和35酶同时存在的情况下，确保连续流连续不断地口成两条
连续的汪洋，正确率都很高。。。也理论上确保同步。。。
但进化没有走这条路，原因可能是在远古简单短 DNA 的时候，这个机制比产卵万枚只
活一个更复杂（不是跟现在的滞后链上复杂的纠错机制比），但更高的正确率在当你没
有进化优势。。。然后 Windows 操作系统已经上市了，就只能 service pack 1234567
。。。而造就今天的前导滞后不对称外加一堆补丁的算法？
: 而这时单田芳同志终于拉完大号回来了。而这时映入单田芳同志眼帘的就
是，李
安同学
: 跟郭文贵正相互怄气中。
: 而单田芳同志看了看舞台上梁潮伟和汤佳芝男默女泪的情况，顿时明白是
咋回事
了。
【在 t******l 的大作中提到】
: 而这时单田芳同志终于拉完大号回来了。而这时映入单田芳同志眼帘的就是，李安同学
: 跟郭文贵正相互怄气中。
: 而单田芳同志看了看舞台上梁潮伟和汤佳芝男默女泪的情况，顿时明白是咋回事了。
: 于是单田芳跟李安同志说：这个文贵的不靠谱，你也没啥办法，毕竟你就那点拍戏资金
: 。。。但这个问题是在于53酶和35酶在梁潮伟和汤佳芝平均分配错误，而因为错误的后
: 果师从混沌学，导致基本这两个高成本演员都挂掉，然后你就没有模板和资金继续拍戏
: 了。
: 所以我单田芳的建议就是，确保梁潮伟这个名演员金唱片模板不出错，保留53酶。这样
: 你失败了也可以明天再拍，屡败屡战。。。总有成功机会，只要一次成功就可以出货大
: 片《一个女演员的激情戏》了。。。当然资金有限，那汤佳芝就只能改成手抄本，错误
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t******l
发帖数: 10908 | 126 我觉得 insync 是生物的 hypothesis。。。原因是 DNA 解旋后的两单链，显然没有双
链互相拥抱的情况更稳定。。。而生物学似乎没有出错率和应该保持多长的解旋单链的
定量阐述。。。在这种情况下，按生物学的心照了就不用宣的惯例，我觉得是大体上默
认基本同步。
: 这个我不同意。任何理论都有假设，所谓的hypothesis，如果没有这个
hypothesis就无
: 法进一步讨论。如果，in-sync or not不影响进一步讨论，那么就不应该是
hypothesis
: 的一部分。
: 话又说回来了，如果in-sync or not没有关系，那么这篇文章也就没有什
么意义
了，只
: 不过发现个事实而已。
【在 s********i 的大作中提到】
: 这个我不同意。任何理论都有假设，所谓的hypothesis，如果没有这个hypothesis就无
: 法进一步讨论。如果，in-sync or not不影响进一步讨论，那么就不应该是hypothesis
: 的一部分。
: 话又说回来了，如果in-sync or not没有关系，那么这篇文章也就没有什么意义了，只
: 不过发现个事实而已。
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w***u
发帖数: 17713 | 127 这个实在是太浪费了，错错得对的概率太低，只有一条是正确复制，不符合生物界节俭
到了极致的原理。根本没有那么多的有机物和能量可以这么挥霍的。你这最大挥霍原理
无论何时都不可能。
【在 t******l 的大作中提到】
: 我觉得还有一种可能，是进化的时候，DNA 的两个拷贝机制是天生就是不对称的。。。
: 也就是好比 leading strand 那条是原版，lagging strand 那条是手抄本。
: 而在最初进化的时候，存在可能就啊 leading strand 那条原版要保持精确。。。而
: lagging strand 那条就是看造化，运气不好就是 expendable，就好比产卵千枚，总有
: 存活下来的。。。后来发现产那么多卵也不是个事儿，就不断给 service pack
: 1234567，但换汤不换药，还是补丁，进化不够完全。
:
:
: 你这个类别不恰当，右撇子占大多数时左撇子应当迁就右撇子，但当左撇子右撇
: 子一样
:
: 多时确实有道理分开设备，而不是让一类承受沉重的负担去迁就另一类。
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t******l
发帖数: 10908 | 128 生物界节俭能量到极致，那是后来竞争的结果。。。古生物的时候三千里不见一个细胞
，阳光大片大片的，不用节俭能量，没有复杂结构倒是真的。
这就好比现在有无比复杂节俭的省油的 Toyota Prius 油电混合动力车。。。但五十年
前美帝不到处都是福特皮卡冒着黑烟街上乱窜，那时汽油便宜得跟水一样，省个屁油嘛
。。。电控电喷发动机太复杂昂贵，买最便宜的简单化油器货才是真的。。。
: 这个实在是太浪费了，错错得对的概率太低，只有一条是正确复制，不符合生物
界节俭
: 到了极致的原理。根本没有那么多的有机物和能量可以这么挥霍的。你这最大挥
霍原理
: 无论何时都不可能。
【在 w***u 的大作中提到】
: 这个实在是太浪费了，错错得对的概率太低，只有一条是正确复制，不符合生物界节俭
: 到了极致的原理。根本没有那么多的有机物和能量可以这么挥霍的。你这最大挥霍原理
: 无论何时都不可能。
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t******l
发帖数: 10908 | 129 另外这也不是错错得对，而是半成品就出厂，缺几个地方慢慢补足（mature）。。。补
不足的废掉就是了，总有会补足的概率就行了。
: 这个实在是太浪费了，错错得对的概率太低，只有一条是正确复制，不符合生物
界节俭
: 到了极致的原理。根本没有那么多的有机物和能量可以这么挥霍的。你这最大挥
霍原理
: 无论何时都不可能。
【在 w***u 的大作中提到】
: 这个实在是太浪费了，错错得对的概率太低，只有一条是正确复制，不符合生物界节俭
: 到了极致的原理。根本没有那么多的有机物和能量可以这么挥霍的。你这最大挥霍原理
: 无论何时都不可能。
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