z***i
发帖数: 166 | 1 问题也许对大家很简单,但我是学生物的,查了半天也不知道答案.
就是有一个基因家族,我可以用一个矩阵来形容他的表达.每一个column表示不同的环境
,不用的行表示不同的基因.我感兴趣的是什么可以用来衡量矩阵1 和2 的区别
gene1: 0000
gene2: 1111
gene3: 0000
gene4: 1111
gene1: 1100
gene2: 0011
gene3: 1100
gene4: 0011
就是作为一个家族,我知道这家族有两个基因是在each condition表达的,在矩阵1:在不
同condition 其实是两个基因在起作用,在矩阵2 是4个基因都起了作用.
谢谢大家:) | j*****g
发帖数: 98 | 2 (matrix 1 + matrix 2) mod 2, then if element == 1, then
difference shows up
does it work for your purspose?
【在 z***i 的大作中提到】
: 问题也许对大家很简单,但我是学生物的,查了半天也不知道答案.
: 就是有一个基因家族,我可以用一个矩阵来形容他的表达.每一个column表示不同的环境
: ,不用的行表示不同的基因.我感兴趣的是什么可以用来衡量矩阵1 和2 的区别
: gene1: 0000
: gene2: 1111
: gene3: 0000
: gene4: 1111
: gene1: 1100
: gene2: 0011
: gene3: 1100
| z***i
发帖数: 166 | 3 谢谢，但是我不太看得懂你的公式。
我就是想用一个量来衡量：
这两个矩阵,每个column上的和是一样的.但是他们又不一样,第一个矩阵,"1"在同一个
row上,但第二个矩阵,"1"不在同一个row.
从生物学意义上来说,每个column的和表示的是一个基因家族在某个condition 的表达,
比如这两个基因家族的表达的breadth都是4 ,但是每个基因的breadth是不一样的,家族
一是4,0,4,0,家族二是2,2,2,2.(矩阵中的1表示这个基因在这个condition 表达)
其实我有很多家族,不知道怎么表示这个家族的breadth和基因的breadth | j*****g
发帖数: 98 | 4 i just mentioned a very simple way...
矩阵1，2相加，然后每个元素对2求余，那么按照你的例子，结果就是
1100
1100
1100
1100
那么可能就是说，这两个基因家族有2个condition的表达不一样；因为第1，2
列都是1
至于breath，实际上定义v=[1 1 1 1]，matrix 1，2分别为A，B
那么Av-Bv就是他们breadth的差异了吧
i do not know whether it works as you expect...
达,
【在 z***i 的大作中提到】
: 谢谢，但是我不太看得懂你的公式。
: 我就是想用一个量来衡量：
: 这两个矩阵,每个column上的和是一样的.但是他们又不一样,第一个矩阵,"1"在同一个
: row上,但第二个矩阵,"1"不在同一个row.
: 从生物学意义上来说,每个column的和表示的是一个基因家族在某个condition 的表达,
: 比如这两个基因家族的表达的breadth都是4 ,但是每个基因的breadth是不一样的,家族
: 一是4,0,4,0,家族二是2,2,2,2.(矩阵中的1表示这个基因在这个condition 表达)
: 其实我有很多家族,不知道怎么表示这个家族的breadth和基因的breadth
| z***i
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