r**********e
发帖数: 587 | 1 请问gene ontology/enrichment的做法
感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库，网站非常多。
不知道最有公信力或者常用的是什么？GO term? DAVID?
如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的，而在其他数据库不是，那我就只
show DAVID的结果？show对自己最有利的？这个算cheating吗？
另外，对于adjusted p-value，比如bonferoni，觉得这个过于保守；如果我的结果得
到了比如2*10^(-4)的p-value，但还是没达到bonferoni的水平，可以report吗？
个人感觉gene enrichment分析，太多猫腻，而且很多都是鸡肋凑个图
听听大家的看法 |
n******7
发帖数: 12463 | 2 哈哈哈
所以说很多实验的人不信这些鬼分析，可以play的空间太大了
不光是GE分析
基本上你用个主流的工具和做法，没人会质疑你的结果，因为本来就是computational
的东西
如果某个牛paper也是这么做的，就更没问题了
当年我就是总觉得我们做的这些分析很扯谈，想solid一些，被老板厌恶
说我做事太认真
后来发现老板对了一半
她说对的是，很多我觉得不靠谱的东西，最后还是放到paper里面发表了
毕竟是所谓的系统生物学，reviewer往往不能很肯定的说这样不行。另外还有大牛挂名
她说的错的是，一大半她让我做的东西都最后删掉了，几个杂志的reviewer都说，over
-analyzed。另外，我花了很长时间做了一个solid的方法，帮我们组拿到另一个合作的
机会，发了不错的文章。 |
n******7
发帖数: 12463 | 3 另外
做生物信息data analysis的基本策略就是
你有一些乱七八糟的data，做个几十上百个分析
如果其中五六个的结果converge了，就拿出来
说我们几个独立的分析，从不同侧面验证了我们的xxx假说
我们的发现如何如何牛B有意义 |
s******r
发帖数: 1245 | 4 随便凑几个图吧，这玩意儿没人认真看的，又不能没有，想怎么说就怎么说，学生物的
一多半不懂啥是adjusted p-value
【在 r**********e 的大作中提到】
: 请问gene ontology/enrichment的做法
: 感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库，网站非常多。
: 不知道最有公信力或者常用的是什么？GO term? DAVID?
: 如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的，而在其他数据库不是，那我就只
: show DAVID的结果？show对自己最有利的？这个算cheating吗？
: 另外，对于adjusted p-value，比如bonferoni，觉得这个过于保守；如果我的结果得
: 到了比如2*10^(-4)的p-value，但还是没达到bonferoni的水平，可以report吗？
: 个人感觉gene enrichment分析，太多猫腻，而且很多都是鸡肋凑个图
: 听听大家的看法
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c*********r
发帖数: 1312 | 5 推荐手边看过的两篇review，有点老，但挺好：
1. Use and misuse of the gene ontology annotations
2. Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding
challenges
我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
异的那些gene，丢失了表达量等信息。
下游的验证还是更重要。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 请问gene ontology/enrichment的做法
: 感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库，网站非常多。
: 不知道最有公信力或者常用的是什么？GO term? DAVID?
: 如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的，而在其他数据库不是，那我就只
: show DAVID的结果？show对自己最有利的？这个算cheating吗？
: 另外，对于adjusted p-value，比如bonferoni，觉得这个过于保守；如果我的结果得
: 到了比如2*10^(-4)的p-value，但还是没达到bonferoni的水平，可以report吗？
: 个人感觉gene enrichment分析，太多猫腻，而且很多都是鸡肋凑个图
: 听听大家的看法
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r**********e
发帖数: 587 | 6 Thanks!
【在 c*********r 的大作中提到】
: 推荐手边看过的两篇review，有点老，但挺好：
: 1. Use and misuse of the gene ontology annotations
: 2. Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding
: challenges
: 我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
: 异的那些gene，丢失了表达量等信息。
: 下游的验证还是更重要。
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R****n
发帖数: 708 | 7 Mark
[在 cellcreator (cellcreator) 的大作中提到：]
:推荐手边看过的两篇review，有点老，但挺好：
:1. Use and misuse of the gene ontology annotations
:challenges
:我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
:异的那些gene，丢失了表达量等信息。
:下游的验证还是更重要。 |
