i*****i
发帖数: 154 | 1 前一段时间做了microarray，用的illumina的平台。
这两天把差异表达的基因挑了出来，用DAVID做了functional cluster分析。
总计有150上调基因，300下调基因（2-fold cutoff），但是分析的结果好像没有任何
指向性，每一个cluster的p value都不显著。
能否有其他办法，可以把某个pathway给调出来？
GSEA可以做到么？
谢谢 |
K**4
发帖数: 1015 | 2 因为GO的annotation不是很好，很多基因还没有覆盖
【在 i*****i 的大作中提到】
: 前一段时间做了microarray，用的illumina的平台。
: 这两天把差异表达的基因挑了出来，用DAVID做了functional cluster分析。
: 总计有150上调基因，300下调基因（2-fold cutoff），但是分析的结果好像没有任何
: 指向性，每一个cluster的p value都不显著。
: 能否有其他办法，可以把某个pathway给调出来？
: GSEA可以做到么？
: 谢谢
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w*****y
发帖数: 1201 | 3 用IPA了吗？
【在 i*****i 的大作中提到】
: 前一段时间做了microarray，用的illumina的平台。
: 这两天把差异表达的基因挑了出来，用DAVID做了functional cluster分析。
: 总计有150上调基因，300下调基因（2-fold cutoff），但是分析的结果好像没有任何
: 指向性，每一个cluster的p value都不显著。
: 能否有其他办法，可以把某个pathway给调出来？
: GSEA可以做到么？
: 谢谢
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m********2
发帖数: 317 | 4 what is the advantage of IPA?
thanks
【在 w*****y 的大作中提到】
: 用IPA了吗？
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w*****y
发帖数: 1201 | 5 他家的pathway的数据库非常全吧。
【在 m********2 的大作中提到】
: what is the advantage of IPA?
: thanks
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v*********0
发帖数: 941 | 6 IPA很贵，用于分析model organism不错，但是不一定你有你要做的物种 |
