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Biology版 - ChIP之前有没有其他代替sonication的方法去 shear chromatin?
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大侠们做chip是用sonicator还是用MNase digest?ChIP试验做不出结果怎么办? (转载)
关于CHIP的一个很低级的问题紧急求助, Chip sample shear得不够,可以在dilution buffer里补么?
请教一个chip的问题请做Chip-seq的大侠 看下size,
3C and 4C protocol什么东西可以替代SONICATOR呢?
请教各大侠关于CHIP试验的几个问题请ChIP专家帮我看看sonicating的问题
请教染色质沉淀CHIP的几个问题。。十分感谢ChIP –HA/IgG binding在不同样品间有差异怎么消除?
15 min VS Overnight IP请教ChIP 引物的设计
Re: crucial problems in Chromatin IP? HELP!!CHIP assay 求助
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话题: chip话题: mnase话题: sonicator话题: sonication话题: 代替
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b**********8
发帖数: 349
1
想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
了,
D**A
发帖数: 311
2
有种像mini prep column一样的东西,只要离心就可以切成特定大小,忘记是那个公司
了。
那个公司说单次使用,实际可以反复使用,大大降低成本。
g********6
发帖数: 86
3
Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html
k*****n
发帖数: 323
4
你那没有branson sonicator么?
那个比较稳定
b**********8
发帖数: 349
5
你说的是这个公司吗?
http://www.activemotif.com/catalog/16.html

【在 D**A 的大作中提到】
: 有种像mini prep column一样的东西,只要离心就可以切成特定大小,忘记是那个公司
: 了。
: 那个公司说单次使用,实际可以反复使用,大大降低成本。

b**********8
发帖数: 349
6
谢谢,貌似比较靠谱

【在 g********6 的大作中提到】
: Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
: http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html

b**********8
发帖数: 349
7
刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。

【在 g********6 的大作中提到】
: Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
: http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html

K**R
发帖数: 193
8
似乎有个N Chip酶切的,Xchip都是要打成一段一段
你查查,有比较成熟protocol,我记得nature protocol有一个讲的很详细。不需要
sonicator.
另外如果代替,也可以你用western超声蛋白的那个可以代替,不过条件自己摸索,一
定要在冰上打。
g********6
发帖数: 86
9
MNase digestion之后可以用普通的探头sonicator随便超两下,这个也没有?

【在 b**********8 的大作中提到】
: 刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。
d****7
发帖数: 109
10
You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
Or check this paper from Steven Henikoff:
http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2766.html
Though I don't get it how this paper manages to get published on Nature
methods.

【在 b**********8 的大作中提到】
: 想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
: ,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
: 了,

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Re: crucial problems in Chromatin IP? HELP!!请做Chip-seq的大侠 看下size,
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g********6
发帖数: 86
11
或者用这位大哥发的方法,MNase消化,然后将上清过针头打断未消化的染色质降低粘
稠度,这个方法跟CST试剂盒原理一样。

【在 d****7 的大作中提到】
: You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
: Or check this paper from Steven Henikoff:
: http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2766.html
: Though I don't get it how this paper manages to get published on Nature
: methods.

d****i
发帖数: 2346
12

http://www.fhcrc.org/en/news/spotlight/imports/no-formaldehyde-
CST的kit也蛮好。

【在 d****7 的大作中提到】
: You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
: Or check this paper from Steven Henikoff:
: http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2766.html
: Though I don't get it how this paper manages to get published on Nature
: methods.

s****t
发帖数: 20
13
mark
d***s
发帖数: 1062
14
mark
B*****U
发帖数: 38
15
mnase很tricky的,digest时间一定要掌握好

【在 g********6 的大作中提到】
: Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
: http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html

k*****n
发帖数: 9823
16
biorupter

【在 b**********8 的大作中提到】
: 想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
: ,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
: 了,

m*****z
发帖数: 1451
17
pierece 有mnase不sonication的

【在 b**********8 的大作中提到】
: 刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。
b**********8
发帖数: 349
18
给个link,谢谢

【在 m*****z 的大作中提到】
: pierece 有mnase不sonication的
b**********8
发帖数: 349
19
想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
了,
D**A
发帖数: 311
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有种像mini prep column一样的东西,只要离心就可以切成特定大小,忘记是那个公司
了。
那个公司说单次使用,实际可以反复使用,大大降低成本。
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什么东西可以替代SONICATOR呢?请教ChIP 引物的设计
请ChIP专家帮我看看sonicating的问题CHIP assay 求助
ChIP –HA/IgG binding在不同样品间有差异怎么消除?Chip-seq DNA size 求助
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g********6
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Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
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k*****n
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你那没有branson sonicator么?
那个比较稳定
b**********8
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你说的是这个公司吗?
http://www.activemotif.com/catalog/16.html

【在 D**A 的大作中提到】
: 有种像mini prep column一样的东西,只要离心就可以切成特定大小,忘记是那个公司
: 了。
: 那个公司说单次使用,实际可以反复使用,大大降低成本。

b**********8
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24
谢谢,貌似比较靠谱

【在 g********6 的大作中提到】
: Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
: http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html

b**********8
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刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。

【在 g********6 的大作中提到】
: Cst有个试剂盒,用mnase不用超声
: http://www.cellsignal.com/technologies/chip_kits.html

K**R
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26
似乎有个N Chip酶切的,Xchip都是要打成一段一段
你查查,有比较成熟protocol,我记得nature protocol有一个讲的很详细。不需要
sonicator.
另外如果代替,也可以你用western超声蛋白的那个可以代替,不过条件自己摸索,一
定要在冰上打。
g********6
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MNase digestion之后可以用普通的探头sonicator随便超两下,这个也没有?

【在 b**********8 的大作中提到】
: 刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。
d****7
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You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
Or check this paper from Steven Henikoff:
http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2766.html
Though I don't get it how this paper manages to get published on Nature
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【在 b**********8 的大作中提到】
: 想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
: ,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
: 了,

g********6
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或者用这位大哥发的方法,MNase消化,然后将上清过针头打断未消化的染色质降低粘
稠度,这个方法跟CST试剂盒原理一样。

【在 d****7 的大作中提到】
: You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
: Or check this paper from Steven Henikoff:
: http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2766.html
: Though I don't get it how this paper manages to get published on Nature
: methods.

d****i
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http://www.fhcrc.org/en/news/spotlight/imports/no-formaldehyde-
CST的kit也蛮好。

【在 d****7 的大作中提到】
: You can use probe sonicator. A lot of people are using that for ChIP.
: Or check this paper from Steven Henikoff:
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mnase很tricky的,digest时间一定要掌握好

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biorupter

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: 想做ChIP,之前一直用的diagenode的bioruptor处理样品,但是现在的实验室条件不行
: ,没有类似设备,有没有其他方法处理样品?求推荐,最好是成套的试剂盒那就更方便
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m*****z
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pierece 有mnase不sonication的

【在 b**********8 的大作中提到】
: 刚看了下,mnase digestion之后还是需要做sonication,遗憾。
b**********8
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36
给个link,谢谢

【在 m*****z 的大作中提到】
: pierece 有mnase不sonication的
m*****z
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37
http://www.piercenet.com/product/pierce-agarose-chip-kit
worked pretty good to me.

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CHIP assay 求助请教各大侠关于CHIP试验的几个问题
Chip-seq DNA size 求助请教染色质沉淀CHIP的几个问题。。十分感谢
CHIP qpcr中的 negative control (mock antibody)15 min VS Overnight IP
做chip最少需要多少细胞呢?Re: crucial problems in Chromatin IP? HELP!!
大侠们做chip是用sonicator还是用MNase digest?ChIP试验做不出结果怎么办? (转载)
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