c*********t
发帖数: 340 | 1 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的
pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：） | t*d
发帖数: 1290 | 2 Nat Protoc. 2011 Dec 15;7(1):45-61. doi: 10.1038/nprot.2011.420.
A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses.
Bardet AF, He Q, Zeitlinger J, Stark A.
【在 c*********t 的大作中提到】
: 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的
: pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：）
| h****n
发帖数: 2552 | | d****7
发帖数: 109 | 4 macs或者macs2都行，用一个chip当control,另一个当chip，然后peak call
HOMER也非常好，里面有个功能getdifferentialpeaks，或者一样，用一个chip当
control，另一个当chip，设一个fold change值（默认是 4-fold），用findpeak功能
做peak call
【在 c*********t 的大作中提到】
: 想请问一下现在做ChIP-seq differential enrichment analysis一般都是用什么样的
: pipeline啊，非常感谢能回答的牛牛们：）
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