F*K
发帖数: 608 | 1 Hi all,
I plan to rescue knockdown of a mouse gene with human cDNA.
However, the human gene only mismatches the 21nt shRNA on #2, 17 and 20
positions. I am wondering if it is ok for rescue?
thanks |
s******s
发帖数: 1584 | 2 你是问只mismatch3个能不能表达么？顺转下做western就好啦。
要是不表达就再多mutate几个位点 |
F*K
发帖数: 608 | 3 Yes, I want to know if 3 mismatch at those positions are enough to be
resistant to shRNA. the KD cell line is hard to transfect, so cannot test.
【在 s******s 的大作中提到】
: 你是问只mismatch3个能不能表达么？顺转下做western就好啦。
: 要是不表达就再多mutate几个位点
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w********r
发帖数: 1431 | 4 你这个情况我觉得很难讲。
我以前做siRNA resistant的cDNA mutant，是根据SiRNA的序列，对应的每个codon都做
silent mutation，绝大部分都work。直到有一次，虽然突变了，但是仍然可以被siRNA
干掉。
后来我做rescue就设计target 3'UTR的siRNA,然后直接用wt cDNA做rescue就可以了。 |
b**********8
发帖数: 349 | 5 有道理，学习了
siRNA
【在 w********r 的大作中提到】
: 你这个情况我觉得很难讲。
: 我以前做siRNA resistant的cDNA mutant，是根据SiRNA的序列，对应的每个codon都做
: silent mutation，绝大部分都work。直到有一次，虽然突变了，但是仍然可以被siRNA
: 干掉。
: 后来我做rescue就设计target 3'UTR的siRNA,然后直接用wt cDNA做rescue就可以了。
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 Mark!
btw, if alternative splicing 3'UTR case might need double or multiple all 3
'UTR regions siRNA then it works
is it seems correct?
siRNA
【在 w********r 的大作中提到】
: 你这个情况我觉得很难讲。
: 我以前做siRNA resistant的cDNA mutant，是根据SiRNA的序列，对应的每个codon都做
: silent mutation，绝大部分都work。直到有一次，虽然突变了，但是仍然可以被siRNA
: 干掉。
: 后来我做rescue就设计target 3'UTR的siRNA,然后直接用wt cDNA做rescue就可以了。
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