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Biology版 - 问个统计的问题
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请问R大牛或者懂RNA-SEQ分析的牛人,DESeq里面怎么对partially replicates的sample进行分析啊?谢!RNA-seq样品量少,做扩增靠谱吗?
qPCR SD 和SEM 计算的争议请教关于生物学重复、技术重复以及统计分析
microarray表达没有差异会是我的问题么?韩春雨的工作重复得怎么样了?
有些困惑,想问一下各位牛人做试验都重复几次请问有做quantitative genetics的人吗?问个kinship和mixed model的问题。
关于Error bar的问题问个细胞实验重复的问题
请教个统计方面的问题问一个SD值大于Ave的问题
看了”大部分cancer research结果都不能重复“一贴想起的对话为什么在IB中能看到变化而PCR中却不能呢?
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话题: standard话题: sd话题: deviation话题: replicates话题: sirna
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l*****a
发帖数: 1431
1
发现siRNA knock-down 一个gene引起apoptosis增加(和mock siRNA 比较),x
square 差异有显著性。结果可以重复。现在reviewer 问Standard deviation between
replicates。就想问一下,这种百分比的数据作sd make sense 吗?
D***a
发帖数: 516
2
统计是为人类服务的。
l*****a
发帖数: 1431
3

I know. But just curious if it is theoretically correct to do that.
y*****w
发帖数: 1350
4
Standard deviation only applies to continuous variables. I guess the
reviewer misunderstood your data by thinking of increase in apoptosis (in
each replicate) as a continuous variable rather than a yes/no binary
variable.

between

【在 l*****a 的大作中提到】
: 发现siRNA knock-down 一个gene引起apoptosis增加(和mock siRNA 比较),x
: square 差异有显著性。结果可以重复。现在reviewer 问Standard deviation between
: replicates。就想问一下,这种百分比的数据作sd make sense 吗?

z*****n
发帖数: 444
5
外行问一句,难道这个不可以在一定的时间,做个量化?
l*****a
发帖数: 1431
6

This is what I think.

【在 y*****w 的大作中提到】
: Standard deviation only applies to continuous variables. I guess the
: reviewer misunderstood your data by thinking of increase in apoptosis (in
: each replicate) as a continuous variable rather than a yes/no binary
: variable.
:
: between

s******s
发帖数: 13035
7
说具体点?啥百分比,flow的?
没看出为啥不能做sd

between

【在 l*****a 的大作中提到】
: 发现siRNA knock-down 一个gene引起apoptosis增加(和mock siRNA 比较),x
: square 差异有显著性。结果可以重复。现在reviewer 问Standard deviation between
: replicates。就想问一下,这种百分比的数据作sd make sense 吗?

c***3
发帖数: 251
8
我觉得他问Standard deviation的意思,主要就是看你这些replicates之间是不是有很
大差异。
你是可以求SD,问题你一共有几个replicates啊?如果你有几十个,画一个boxplot好
o*p
发帖数: 177
9
You can estimate SD for sample proportions
Google "standard deviation proportion"

between

【在 l*****a 的大作中提到】
: 发现siRNA knock-down 一个gene引起apoptosis增加(和mock siRNA 比较),x
: square 差异有显著性。结果可以重复。现在reviewer 问Standard deviation between
: replicates。就想问一下,这种百分比的数据作sd make sense 吗?

l*****a
发帖数: 1431
10

对,reviewer就是这个意思,我就3个replicates。除了boxplot,还能怎么做。我的问
题是如果做sd make sense,那为什么这种percetage的data 不用t-test,而用x
square test? 统计学的不好,让大家见笑了。

【在 c***3 的大作中提到】
: 我觉得他问Standard deviation的意思,主要就是看你这些replicates之间是不是有很
: 大差异。
: 你是可以求SD,问题你一共有几个replicates啊?如果你有几十个,画一个boxplot好
: 了

s******s
发帖数: 13035
11
chi-square是一个很垃圾的test, 之所以有人用完全是历史遗留问题。
至于是不是用t-test,看你这个实验每次replicate理论上会不会有大区别了。
如果要显示这儿区别,当然要t-test;基本上没有,其实根本不用replicate,
直接把每个点看做bernoulli trial, 然后总得是binomial, 直接用CLT估计误差就行了

【在 l*****a 的大作中提到】
:
: 对,reviewer就是这个意思,我就3个replicates。除了boxplot,还能怎么做。我的问
: 题是如果做sd make sense,那为什么这种percetage的data 不用t-test,而用x
: square test? 统计学的不好,让大家见笑了。

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