l*****i
发帖数: 1163 | 1 今天看到一片文章，做Microarray的，其中的Heatmap不是基因表达量，而是－Log10 P
Value （vs control）来表示某一类的基因的表达量。请问这种表示方式合理么？有
什么需要注意的？对这块不熟，请高手指教。多谢 |
t*******o
发帖数: 424 | 2 既然是p value，那就不能是基因的表达量了吧，而是和对照组比较之后的p value了。
反正在我做的这一块（非microarray)是常见的
P
【在 l*****i 的大作中提到】
: 今天看到一片文章，做Microarray的，其中的Heatmap不是基因表达量，而是－Log10 P
: Value （vs control）来表示某一类的基因的表达量。请问这种表示方式合理么？有
: 什么需要注意的？对这块不熟，请高手指教。多谢
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s******a
发帖数: 252 | 3 Heat map can be used to visualize any number. |
L**S
发帖数: 7833 | 4 你说的是火山图吗？
P
【在 l*****i 的大作中提到】
: 今天看到一片文章，做Microarray的，其中的Heatmap不是基因表达量，而是－Log10 P
: Value （vs control）来表示某一类的基因的表达量。请问这种表示方式合理么？有
: 什么需要注意的？对这块不熟，请高手指教。多谢
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j*p
发帖数: 411 | 5 不常见。有可能是数据不好，比如说作者想要研究的那些基因，control/treat 表达量
都很低，fold change也不大，但是control和treat的标准差很小。假如按照常规的方
法show fold change，作者根本无法claim他/她研究的基因有显著性，很可以啥都没有
，于是就改show log（pvalue），来显示显著性。非常misleading。 |
o*****a
发帖数: 2335 | 6 网上搜了一下还挺常见的，想想p-value可以从0.05到0.0000001，可能还真得log作图
才行 |
