a*****v
发帖数: 128 | 1 大家都是如何拟合滴定的数据呢？
在蛋白质浓度不足的情况下，只能滴加ligand的方式进行，这个时候蛋白质的浓度在不
断稀释，
因此不能用简单的y=B*x/(x+kd) 来拟合
大家是用什么软件，如何做的呢？ |
C*********m
发帖数: 213 | 2 http://freedom7.swmed.edu/NMRView.htm
NMRView titration script
【在 a*****v 的大作中提到】
: 大家都是如何拟合滴定的数据呢？
: 在蛋白质浓度不足的情况下，只能滴加ligand的方式进行，这个时候蛋白质的浓度在不
: 断稀释，
: 因此不能用简单的y=B*x/(x+kd) 来拟合
: 大家是用什么软件，如何做的呢？
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a*****v
发帖数: 128 | 3 用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？ |
a*****v
发帖数: 128 | 4 用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？
【在 C*********m 的大作中提到】
: http://freedom7.swmed.edu/NMRView.htm
: NMRView titration script
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g*****n
发帖数: 36 | |
C*********m
发帖数: 213 | 6 把peak intensity or peak volume 读出来，把浓度换算出来，自己用数学软件拟合就
是了。他们的公式不是写在script里面就是另外有manual，自己找一下。每个体系不一
样，他们的公式也未必适用你的
【在 a*****v 的大作中提到】
: 用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
: 但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
: 是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
: 还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？
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b******y
发帖数: 627 | 7 When I did mine, my protein concentration change is less than 10% at the end
of titration vs the beginning. So I just ignore the change and assume it is
constant. Then I output chemical shift vs total ligand concentration and
did the curve fitting using nlinfit command in Matlab. In this case, the
equation is the one you described.
If the concentration of you protein changes much more than 10% at the end of
the titration, you certainly should use [protein], [ligand], and CS to fit
Kd. You can derive the equation yourself. |
