r********7
发帖数: 229 | 1 最近一期Sci Transl Med中Carrier Testing for Severe Childhood Recessive
Diseases by Next-Generation Sequencing报道用NGS检测448 severe
recessive childhood diseases。结果发现NGS的sensitivity和specificity都很
好（用array的方法验证）；平均每sample有 2.8个突变；还发现之前文献中报
道的与疾病相关的突变不对或不全...
http://stm.sciencemag.org/content/3/65/65ra4.full
小弟看了很感兴趣，有几个问题请教大侠们
文章中用的是Illumina GAIIx (SOLiD辅助)来检测，如果用454的机器来测序，
效果会如何？根据dfbb以前的牛文
http://mitbbs.com/article_t1/Biology/31375537_0_1.html
454可以测的序列更长（500 vs 50 of Illumina）,不过出错率高些。但是如果可
以deep sequencing (每一个序列coverage都好几十次)，好像测序短，有出错
率等问题都可以解决。小弟瞎琢磨，是不是这样呢？
最后就是如果把NGS用在商业的基因检测中，那些指标是比较重要的呢？小弟觉
得按重要程度：
准确率 >测序长度> 花费>（per machine and per sample）>turnaround速
度> 文库制备难易度
大侠们如何看呢？先谢谢了！ |
w******y
发帖数: 8040 | 2 454除了在微生物基因组测序中还有应用外， 已经淡出二代市场了
by design最适合医学测序的目前是刚推出ion torrent
【在 r********7 的大作中提到】
: 最近一期Sci Transl Med中Carrier Testing for Severe Childhood Recessive
: Diseases by Next-Generation Sequencing报道用NGS检测448 severe
: recessive childhood diseases。结果发现NGS的sensitivity和specificity都很
: 好（用array的方法验证）；平均每sample有 2.8个突变；还发现之前文献中报
: 道的与疾病相关的突变不对或不全...
: http://stm.sciencemag.org/content/3/65/65ra4.full
: 小弟看了很感兴趣，有几个问题请教大侠们
: 文章中用的是Illumina GAIIx (SOLiD辅助)来检测，如果用454的机器来测序，
: 效果会如何？根据dfbb以前的牛文
: http://mitbbs.com/article_t1/Biology/31375537_0_1.html
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s******s
发帖数: 13035 | 3 哪个啥，illumina有了个MiSeq吧。Ion torrent还是新产品，没啥优势，
这个就看芯片工厂给不给力，大概第二代第三代芯片出来以后能有点优势，
given别人都不进步
【在 w******y 的大作中提到】
: 454除了在微生物基因组测序中还有应用外， 已经淡出二代市场了
: by design最适合医学测序的目前是刚推出ion torrent
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s******s
发帖数: 13035 | 4 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。
他们的model就是低价机器，然后用靠芯片赚钱，这个有没有象黑心
的打印机厂卖墨盒啊？如果谁能想办法回收墨盒，咳咳，我是说回
收芯片，放在机器里把上面nucleotide都洗掉，理论上应该可以再
用吧？然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer,
然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
【在 s******s 的大作中提到】
: 哪个啥，illumina有了个MiSeq吧。Ion torrent还是新产品，没啥优势，
: 这个就看芯片工厂给不给力，大概第二代第三代芯片出来以后能有点优势，
: given别人都不进步
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m***T
发帖数: 11058 | 5 454的机器read length长是没错，但throughput低，再考虑你提到的错误率高需要
extra coverage的话，成本可想而知。所以除非对read length要求高难度的某些
applications，其它方面它是处于绝对劣势。而它的read length优势现在正面临三代
技术的强有力的挑战，所以它是位置是最尴尬的。
Ion目前看从技术上还没有什么优势(read length目前还只有100bp，而且throughput低
)，不知道有了lifetech做为后盾提供人力、物力和财力，会不会在短期内有所突破就
不好估计了。对于IVD产品，可靠性、可重复性、速度、成本（包括初始及running）是
最重要的几项因素。Ion在其中的几方面还是很有优势的。 |
g******w
发帖数: 78 | 6
想起了我的brother打印机,黑呀，太他妈黑了
【在 s******s 的大作中提到】
: 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。
: 他们的model就是低价机器，然后用靠芯片赚钱，这个有没有象黑心
: 的打印机厂卖墨盒啊？如果谁能想办法回收墨盒，咳咳，我是说回
: 收芯片，放在机器里把上面nucleotide都洗掉，理论上应该可以再
: 用吧？然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer,
: 然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
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m***T
发帖数: 11058 | 7 它当初的定位就是这么说的，technology是它的chip。有专利你是不可能将其hack并商
业化的，玩票性质的hack玩还行，想靠这个evil idea去赚钱恐怕没戏。
【在 s******s 的大作中提到】
: 刚想到了一个很evil的idea, Ion Torrent不会来派人暗杀我吧。
: 他们的model就是低价机器，然后用靠芯片赚钱，这个有没有象黑心
: 的打印机厂卖墨盒啊？如果谁能想办法回收墨盒，咳咳，我是说回
: 收芯片，放在机器里把上面nucleotide都洗掉，理论上应该可以再
: 用吧？然后估计Ion要设计最后一个读出以后冲进毁灭性酸buffer,
: 然后再有计算机高手讨论怎么hack ION的系统skip某个cycle等等。。。
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s******s
发帖数: 13035 | 8 专利是限制你改造、变更用途，不妨碍我洗干净recycle。
这样想吧，我就是一家清洁公司，不是倒买倒卖，而是你拿了
用过的来了，我给你洗干净了你可以继续用，我收取清洁费，
和啥专利毫无关系。当然，如果ION最后搞得还要读写一下小
chip啥的，那就没戏了，只能玩票hack或者卖到中国去了
【在 m***T 的大作中提到】
: 它当初的定位就是这么说的，technology是它的chip。有专利你是不可能将其hack并商
: 业化的，玩票性质的hack玩还行，想靠这个evil idea去赚钱恐怕没戏。
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r********7
发帖数: 229 | |
r********7
发帖数: 229 | 10 得到麦地IT大侠的同意，把和他私下交流的信息发到这里，希望他的指点帮助到更多的
人：
我感觉拿454和Ilumina比，除了read length外，唯一拿得出来的就只有run time了，
但这也部分是因为是throughput低导致的。Cost高,error rate高，throughput低，
procedure复杂等都是它比较致使的缺点。
象Ilumina和SOLiD的short read都有一个很大的问题就是对于highly repetitive的
region没有什么好的办法，主要靠pair-end或mate-pair等双tag的方式来弥补，但并不
能绝对解决问题。所以longer read对于这些region是非常必要的。但因为454和三代技
术尽管read length长，可以更好的解决上面提到的问题，不过两者共同的problem都是
error rate高，所以需要extra的coverage来帮忙。这样一来，cost就会更高而且也抵
消了longer read的优势，还不能完全解决error rate高所带来的所有问题。
一句话，鉴于NGS的现状，别看大多数人看好deep sequencing在临床领域的应用，但它
真正进入临床，必须保证可靠性、可重复性能满足临床的要求，所以它还有很长的路要
走。
上面仅是我个人的观点，仅供参考。
【在 r********7 的大作中提到】
: 非常感谢几位牛人指点，收益匪浅！
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