l**********1
发帖数: 5204 | 1 ZZ
老外的forum 有关的讨论帖 的最精彩的一句推论:
>So if I understood well, you suggest to lengthening the 5' end of the
construct including part of the promoter in a promoterless vector and then
transfect different cell lines and see in which one the entire transcript
will be expressed.
details pls go to
htp://molecularbiology.forums.biotechniques.com/viewtopic.php?f=2&t=31288
看看能否有助LZ的这问题的解决?
有一点务必牢记: without in vivo experimental data support for a new species 5'UTR information Blast
information is just a block ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 2 【 以下文字转载自 Tennis 讨论区 】
发信人: KennyD (|-==-|), 信区: Tennis
标 题: 解释BFT的成人UTR水分理论
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 23 21:04:57 2018, 美东)
BFT说老发现成人是用来UTR刷分的，Junior是用来苦战的。这个是不是可以
这么解释？
有些成人由于各种原因，在成人联赛时不时需要tank一下。但是UTR比赛完全没有
tank必要，都放开了打。所以相对来说，UTR积分略高，NTRP略低。
比如UTR 7.0, NTRP 4.0。
然后这么一个成人，就导致了一大批从未参加过UTR比赛的wsn的UTR被人为高估。
比如一个兢兢业业的NTRP 4.0，UTR也被算成7.0，但是他实际上远不如那个
tanker。 |
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x******e
发帖数: 1428 | 3 嗯，我也是觉得以前学的都是一个transcript 就只有一个5' UTR 和3' UTR。但是这是
我从ensembl上面download下来的其中一条：
>ENSMUSG00000000001|ENSMUST00000000001|107948924|107949064|107910198;
107912321|107912234;107912339
对应的是：
Gene ID: ENSMUSG00000000001
Transcript ID: ENSMUST00000000001
5' UTR start: 107948924
5' UTR end: 107949064
3' UTR start: 107910198;107912321
3' UTR end: 107912234;107912339
我困惑的就是3’UTR, 出现了两个starts，ends对应一个transcript. |
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B*****2
发帖数: 7520 | 4 看起来基本同意对手有4.0-4.5，现场看的几个朋友也是这个意见。对手弱点在蓝衣服
胖子跑的太慢，不过他手感稳定落点刁，发球落点也很好。娃下来反应蓝衣服的发球更
难接，中间有连着3个球发到侧面铁丝网，接回去就被轻松拍死.....带帽子的有一个发
球局连续暴力ACE，其他时候没那么猛，不知道是不是在让小孩一把，lol
最后比分是7-9，两个小娃的平均双打UTR是5.9，意外吗？我猜两个大人自评UTR6.0参
赛的。受到对手刺激，至少我孩子肯定是双打超水平发挥了（开心，呵呵）。但如果是
单打，我相信小孩一边的机会会更多一些，baseline对拉才是Jr的强项啊。我下次报个
偏远点的UTR EVENT，争取录个单打看看。
所以回到另外一帖里的NTRP和UTR换算，表格里男子UTR6对应的NTRP只有2.5-3.0，我当
时就觉得不合理啊。
我的看法，UTR6.0对应NTRP4.0差不多；college男子中等水平UTR12，对应NTRP5.5；那
么隔壁的白衣男子UTR10对应5.0没问题；UTR8对应4.5，比较线性的关系吧。
简单说，NTRP在4.0-5.0这一片密集区分得太粗，UTR分... 阅读全帖 |
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W*********n
发帖数: 775 | 5 想获取一个一个物种的某基因A的序列，从其5'UTR及开始的25个编码区碱基设计
Morpholino序列用于基因阻断。 从朋友那边（正在做此物种测序）获取了一包含这个
基因的测序序列：包含这个基因的所有内含子，外显子以及启动子区域 （只是中间也
有几个大片的NNNNN区）。我通过将其和另外一个亲缘最近的同属的其他物种（已经测
序）进行比较，找出了编码区的内含子和外显子（因为蛋白序列高度相似）。
现在的问题是：怎样从原始序列中找出5'UTR的确切序列？ 这个5'UTR是否一定在第一
个编码区的外显子上，还是可能在这个外显子的上游还可能有一个外显子，用来剪贴出
全部或者部分5'UTR？ 怎样判断5'UTR的起始位点？
请问用什么软件可以分析？谢谢！ |
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G***G
发帖数: 16778 | 6 http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core
The ENSE00001459322, last exon of ENST00000373020
is marked in Ensembl as
3' UTR.
The UTR means untranslated region.
Can an untranslated region be an exon?
or Can an exon be an untranslated region?
I cannot understand why ensembl mark
a whole exon as 3' UTR.
Can a region in a transcript function
as both exon and 3' UTR?
What is difference between the last exon and 3' UTR? |
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B*****2
发帖数: 7520 | 7 第一次在这里奔娃，欢迎指点！
周末第一次带娃参加所谓的UTR EVENTS，特点就是不管男女老少，按UTR配对打。我很
希望孩子能和大人打，多一点variety，学一学老将们的strategy and play smart。
结果有点失望，100多人几乎一色的Jr，唯一亮点是可以和同水平girl打。好在双打有
惊喜，娃和一个刚刚认识的美女姐姐搭档，第一轮战胜一对U16 girl，第三轮就遇上她
们的老爹，这比赛是男女老少都有了啊，呵呵。老爹们赛前几乎没有UTR记录，应该是
自评UTR参赛的。但看的出来都是老油条了，之前血洗了娃的两个小伙伴。
比赛很精彩就几乎全程录像了，去掉几个发球低级失误都在这儿了。
https://www.youtube.com/watch?v=XHYaRex0m-A;
我的几点观战感想：
1. 老同志们的overhead太强了！Jr，尤其低年龄段的，这方面要好好学习才行。
2. 节奏太快。我算了下一共61个球才11分钟。老将们根本不和你搞什么crosscourt
rally，一个slice就上网了，这才是真正的双打吧。
总结就是一个字：好玩！下次还来！... 阅读全帖 |
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B*****2
发帖数: 7520 | 8 你说得很对，这种比赛没压力，双方打法迥异，打完不管输赢都是乐呵呵。我昨晚看了
几遍越看越开心，所以才决定发出来分享。
类似的UTR EVENTS越来越多，GOOGLE搜UTR EVENT就行。它和UTR不是同一个网站。
我们这次地点有点特殊性，全是Jr，而且全是高手（前三个小组24个人，几乎全是
UTR10及以上）。我相信别的UTR event会更多样化一些。 |
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c********b
发帖数: 363 | 9 one transcript has one 5' UTR and one 3' UTR. But one gene can have
different version of transcripts that results in different 5' UTRs. Or,
sometimes the same gene has different 3' UTRs among its transcripts.
poly-cistron may be different. |
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x******e
发帖数: 1428 | 10 啊，为什么是single 3'UTR呢？明明有两个3' UTR starts （107910198;107912321）,
两个3'UTR ends(107912234;107912339)...
这个意思不是说有两段3'UTR么？
一个从107910198-107912234
一个从107912321-107912339。
是我理解错了么？求解释……
single |
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x******e
发帖数: 1428 | 11 多谢啊！
不过我刚才列出来的是一个transcript的信息，每一个transcript都有不一样的UTR信
息的，所以应该不是“possible differential 3' UTR among all the transcripts”
。不过你的话提醒我了，我猜是alternative splicing可能有不同的UTR？不过我也是
瞎猜的……
Anyway了，我先把两段加起来算总的UTR的长度吧。 |
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W*********n
发帖数: 775 | 12 sorry for my misunderstanding.
Yes, you are right, I need to find the Translation Start Site or region
around CDS starting point.
Now, I have found the Tranlation Start Site, and also I can make sure the
downstream coding sequences after the TSS. So now I need a comfirmed 5'UTR
sequence, at least some of the sequence near the TSS. Do you think the
unstream of the TSS in the gemome is 5'UTR ? or at least we can make sure of
a samll seuquence before the TSS?
I seed the Coding sequence and 300bp up... 阅读全帖 |
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y**u
发帖数: 69 | 13 想把3'UTR克隆到reporter gene后面，还需要加额外polyA signal吗？我觉得似乎没必
要因为3'UTR里面应该自带了吧，但是看到有些人3'UTR后面还跟了比如SV40 pAS，请问
有必要么？
再一个问题是，想克隆完整的3'UTR，但是发现比较难，特别是3'端的序列，一般很多
重复序列，不好设计引物，请问怎么解决这个问题？
谢谢 |
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g****r
发帖数: 24 | 14 【 以下文字转载自 Tennis 讨论区 】
发信人: BFT2012 (BFT2012), 信区: Tennis
标 题: 达拉斯UTR大趴---大米篇
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 22 17:54:43 2018, 美东)
https://youtu.be/gcMqdU4Tf9Y
大米先上，因为他录像短些......我只做了最简单的编辑，去掉少数过于简单的UE，失
误也是比赛的一部分嘛
作为背景介绍和讨论，我尽量先不介绍双方的UTR和比分，这些可能会导致大家评球的
中立性。
大米的比赛和黑导时间重叠很多，第一场我只看到最后一局，第二场在indoor距离很远
，重头戏是第三场。在我看来，他的发挥超过了第一次UTR奔的水平，上次面对暴力男
孩主要是靠防守，那么这次发球有力进攻凶猛，打得堂堂正正让我刮目相看！
录像里首先是第三场，对手在B12的表现我非常熟悉。半年前从B12以大概TX#20 age up
，可惜那时候我娃还不够他打，一直没遇到过，就记得他的长发和眼泪。赛前我是不太
看好大米的，这种solid Jr很顽强很难打，个子明显也长高了，然而......值得一... 阅读全帖 |
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C*E
发帖数: 23 | 15 【 以下文字转载自 Tennis 讨论区 】
发信人: BFT2012 (BFT2012), 信区: Tennis
标 题: 达拉斯UTR大趴---大米篇
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 22 17:54:43 2018, 美东)
https://youtu.be/gcMqdU4Tf9Y
大米先上，因为他录像短些......我只做了最简单的编辑，去掉少数过于简单的UE，失
误也是比赛的一部分嘛
作为背景介绍和讨论，我尽量先不介绍双方的UTR和比分，这些可能会导致大家评球的
中立性。
大米的比赛和黑导时间重叠很多，第一场我只看到最后一局，第二场在indoor距离很远
，重头戏是第三场。在我看来，他的发挥超过了第一次UTR奔的水平，上次面对暴力男
孩主要是靠防守，那么这次发球有力进攻凶猛，打得堂堂正正让我刮目相看！
录像里首先是第三场，对手在B12的表现我非常熟悉。半年前从B12以大概TX#20 age up
，可惜那时候我娃还不够他打，一直没遇到过，就记得他的长发和眼泪。赛前我是不太
看好大米的，这种solid Jr很顽强很难打，个子明显也长高了，然而......值得一... 阅读全帖 |
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B*****2
发帖数: 7520 | 16 UTR和最后结果暂时保密，lol。我对UTR比较熟，NTRP完全不懂，正好前不久这里谈起
NTRP和UTR的对照，先等USTA队长们发表意见再说。 |
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n**8
发帖数: 221 | 17 请教班上的大侠，有没有什么公司卖UTR DNA （比如3'UTR）， 或者带着长UTR的cDNA
的？
不甚感激！ |
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s**********a
发帖数: 92 | 18 一个human基因，在 UCSC 数据库中显示没有 5-UTR，直接从ATG开始，而 3-UTR 倒是
挺长的。对于一个真核基因，没有 5-UTR 是不是不太可能。
谢谢！ |
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g*g
发帖数: 6908 | 19 最近看网球频道，时不时有utr的广告，通过utr预测比赛结果。估计和这个公开pro小
数点后两位是一波的推广活动 |
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m*******s
发帖数: 6 | 20 In C.elegans, all kinds of expression vectors are available. N-terminalor
C-terminal fused, cytoplasm located or nuclear located. Usually, we use the
same 3'UTR. Sometime we will use the gene specific 3'UTR in order to know the
accurate expression pattern of that gene.
that |
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x******e
发帖数: 1428 | 21 以前没有接触过UTR方面的问题，所以不是很确定……现在做的一个project里面需要用
到UTR的长度，看到这种情况很困惑。
Many thanks! |
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c********b
发帖数: 363 | 22 I am confused. Does not that mean the region of a single 5'UTR and a single
3' UTR? Or I missed sth? |
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c********b
发帖数: 363 | 23 Sorry, I did not see it clearly.
This does not mean one transcript has two 3' UTRs to me. It just shows a
possible differential 3' UTR among all the transcripts.
I could be wrong, though.
）, |
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c********b
发帖数: 363 | 24 I knew shot utr, but how could it be possible without utr in eukaryotes? No
cap? Where is the ribosomal binding site? |
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发帖数: 1 | 25 想在CMV驱动的GFP的3‘UTR插入一个U6驱动的RNA片段。
目的是在细胞里得到两个transcripts，一个是GFP-3'UTR-U6-RNA-polyA，一个是这个
RNA，方便进一步的其它实验。
直接这样做克隆能表达吗？
求大神指点，谢谢！ |
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m*******y
发帖数: 23 | 26 【 以下文字转载自 Tennis 讨论区 】
发信人: happybob (happybob), 信区: Tennis
标 题: UTR final 录像
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 29 15:16:44 2018, 美东)
自己掂量了一下，决定不参加这次家门口的比赛，但是也去看了两天学习一下。今天是
男单和女单的决赛，我给男单决赛录了像，他们都很感兴趣，要求我把录像发给他们。
小黑哥名叫： Sekou Bangoura， UTR15 （刚刚一看怎么变成14.55了？）
另一个小伙叫： Nestor Vargas， UTR13.
结果不出意料，小黑哥 8-2 胜。冠军奖金 400刀，亚军200刀。
小黑哥今年26岁，当年在UF打男一单，但是当年就退学打职业，目前世界排名390左右
。总共奖金不超过25万，吃职业这口饭真心不容易。
黑哥的父亲是网球教练，妹妹也在大学队打球，他父亲让我陪着女孩打打球，说是1点
到，结果我等到2点还没来，就告辞了。
女孩：
http://www.huskers.com/ViewArticle.dbml?ATCLID=211063634... 阅读全帖 |
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h**a
发帖数: 26 | 27 【 以下文字转载自 Tennis 讨论区 】
发信人: happybob (happybob), 信区: Tennis
标 题: UTR final 录像
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 29 15:16:44 2018, 美东)
自己掂量了一下，决定不参加这次家门口的比赛，但是也去看了两天学习一下。今天是
男单和女单的决赛，我给男单决赛录了像，他们都很感兴趣，要求我把录像发给他们。
小黑哥名叫： Sekou Bangoura， UTR15 （刚刚一看怎么变成14.55了？）
另一个小伙叫： Nestor Vargas， UTR13.
结果不出意料，小黑哥 8-2 胜。冠军奖金 400刀，亚军200刀。
小黑哥今年26岁，当年在UF打男一单，但是当年就退学打职业，目前世界排名390左右
。总共奖金不超过25万，吃职业这口饭真心不容易。
黑哥的父亲是网球教练，妹妹也在大学队打球，他父亲让我陪着女孩打打球，说是1点
到，结果我等到2点还没来，就告辞了。
女孩：
http://www.huskers.com/ViewArticle.dbml?ATCLID=211063634... 阅读全帖 |
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o*****e
发帖数: 314 | 28 Does anyone have a premium membership at universaltennis.com? With a free
account, one can only view integer UTR rating numbers. To derive this
integer value, is the decimal part rounded or truncated?
thanks, |
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B*****2
发帖数: 7520 | 29 UTR先保密，按NTRP这两个对手是啥水平啊？ |
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n*********4
发帖数: 83 | 30 Nice! High quality doubles.
The guy in blue looks to be 4.0, the guy with hat could be 4.5.
Your boy is UTR 7 ? |
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B*****2
发帖数: 7520 | 32 没啥特殊的，就是多打吧。这边每月一次大比赛用免费来强制参加双打比赛。
我觉得是个顺其自然的过程，回想半年前的双打，教练强调上网，但是娃一堆网前失误
根本上不去，关键时刻都是双人回防站底线。最近我觉得慢慢好些了，网前有了一点自
信。
再有就是对手和队友的带动了。这个女孩，咱在背后说实话，动作和水平都算不得同年
龄里强的。但是她的上网积极性真是出奇的高，我觉得娃学到了不少。下次UTR争取还
找她，lol |
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i*****e
发帖数: 2810 | 33 还有不到4的。
我们小孩学校老师，网球单打拿过Conference冠军,UTR只有5，我们家10岁娃打她毫无
压力。
D3D2水平都参差不齐。 |
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a*****0
发帖数: 6788 | 34 D1也参差不齐。 去University of Texas at Austin网上看，这么牛的学校女网队UTR
最高12，最低？ 7！ 队里总得有人付学费不是，呵呵。 |
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g*g
发帖数: 6908 | 35 网球队有替补/板凳吗？7的也能上场比赛否？
UTR |
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g*g
发帖数: 6908 | 36 你们家是牛娃啊，10岁就utr6或者更强了
d3看来学校间差异很大。我一个朋友的儿子，在bft2012他们那里某d3学校，utr10单打
Line6左右，也打双打。据说他们学校算d3里比较强的。他女儿在加州某d3校队，好像
utr只有5-6(比赛很少，可能不准确）。 |
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B*****2
发帖数: 7520 | 37 https://myutr.com/players/11207
女的应该是这个人，2014年以后没成绩，已经unrated了。假设她的对手一直没有进步
，那么她的UTR挺高的，11-12，但是活跃对手4年来可能已经天翻地覆了啊。
WTA 700多应该还是ITA里的积分为主？ITA circus没有太高的门槛，我知道的girl 8,
boy 9都有在打ITA的。具体可能土人更有发言权。 |
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c*****t
发帖数: 1084 | 38 since i'm in this field i think sth should be clarified. so far
the only functional miRNAs has been found in worms and plant
but not in mammlian cells although miRNAs are detected in mammalian
cells. no targets have been found yet. also in worms miRNA (actually
let-7 and lin-4) is not perfectly complenentary to its target
seq at 3'UTR. some bulges exist withink base paring region. this
posts most difficult part to identify potential miRNA target
seq since it's not perfectly match. also miRNA is |
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m****n
发帖数: 1066 | 39 正在clone一段大约2000bp的 3’UTR.
1. RT-PCR, 用过superscriptIII and thermoscript, 不行。靠近polyA的可以PCR出来
。这个2000bp的不行。
2. 用human genomics DNA, 自己从细胞里用DNAeasy提的。至少三四条带在1500-
2000bp的位置。
这个序列二级结构比较多。
高手指点。不行就找genescript合成了。 |
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x******e
发帖数: 1428 | 40 再请教一下，可能一个transcript没有UTR么？谢谢！ |
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x******e
发帖数: 1428 | 42 可是有些well studied基因网上没有它们transcript UTR的记载……是因为还没有确凿
的数据么？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 43 没有UTR应该是不可能的，没有任何mRNA可以只包含ORF没有任何多余序列。
转录起始位点和翻译起始位点也不可能重合，核糖体需要滑动一段距离
No |
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c********b
发帖数: 363 | 44 I guess the POST meant no UTR in proteins, yeah, I got that. |
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z*******6
发帖数: 679 | 45 我还一直以为mRNA数据库里面CDS前面的就是5‘UTR呢。。。惭愧。。。 |
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W*********n
发帖数: 775 | 46 mRNA数据库里面CDS前面的那部分肯定就是5‘UTR， 因为我觉得那些mRNA都是剪切过的
成熟mRNA.现在我所序列是从基因组测序出来的原始序列，我需要首先确定这个基因表
达的时候，从DNA转录到RNA从哪个位点开始的，然后转录出的RNA在哪些地方剪切去掉
内含子，然后剩下的就是成熟mRNA. |
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K**4
发帖数: 1015 | 47 I remember that some Japan groups have sequenced all UTRs of the genes and
transcript isoforms that generated by alternative splicing. They published a
lot of Nature and NG papers from this.
Dont know if they have made it public.
Go back to your purpose, I think you need to find TSS or splicing sites for
morpholino, not 5UTR, right? |
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W*********n
发帖数: 775 | 48 Thanks for the useful information.
For I want to use morpholino to block the traslation of the gene, not for
the splicing block, I think I know the 5'UTR and the starting 25bp coding
sequence--it is also required by the Morpholino company.
Thanks
a
for |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 49 not so simple if that region 5' UTR is not cleared
just try go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2717535/
or
//archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/volltexte/2009/8939/pdf/thesis.pdf
so might need NMR analysis
with below software link:
//bmm.cancerresearchuk.org/~3djigsaw/
Ps: if you already knew that region likes:
//plexdb.org/modules/PD_probeset/annotation.php?genechip=Barley1&sequence_id=Barley1_05933
just use
//go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermFinder/GOTermFinder
or others from
/... 阅读全帖 |
|
W*********n
发帖数: 775 | 50 大家好：
现在已克隆出基因编码区的全长cDNA, 想设计Mophilino片断，就得知道此基因mRNA起
始编码区上游25bp的序列。现在有基因组序列， 可否认为基因组序列中起始编码区上
游的25bp也出现在转录后的mRNA序列中？
5’UTR会不会有Intron?
谢谢！ |
|
